Zusammenfassung
Die Diagnostik von malignen Tumoren, Infektionen durch Mikroorganismen oder Genodermatosen wird zunehmend durch molekularpathologische Analyseverfahren ergänzt. Dabei spielen die Polymerasekettenreaktion (PCR), Sequenzierungsverfahren und In-situ-Hybridisierungen eine wichtige Rolle. Inwiefern Methoden wie „liquid biopsies“ oder „single cell genomics“ als Routineverfahren weiterentwickelt werden können, bleibt abzuwarten. Erhöhter technischer Aufwand, hohe Kosten und fehlende Möglichkeiten einer Resistenzprüfung stehen schnellen Nachweisverfahren, einer hohen Sensitivität und Spezifität gegenüber. Dabei gilt es generell, für eine korrekte Diagnose molekulargenetische Verfahren in Kombination mit dem klinischen Bild, der Histologie bzw. Immunhistologie und ggf. kulturellen Anzüchtungen zu bewerten.
Abstract
Malignant tumours, infections caused by microorganisms or genodermatoses are diagnosed with additional help of molecular pathology methods. Polymerase chain reaction (PCR), sequencing and in situ hybridisations play an important role. It remains to be seen if methods such as “liquid biopsies” or “single cell genomics” can be developed as routine diagnostics. High technical efforts, high costs and no possibility for resistency testing is accompanied by fast verification, high sensitivity and high specificity. Overall, molecular pathology results have to be combined with the clinical picture, histology or immunohistochemistry and culturing results to achieve a correct diagnosis for the patient.
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Danksagung
Die Autoren bedanken sich bei Frau Britta Hasemeier für die unentbehrliche Hilfe bei der Erstellung der Abbildungen.
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Interessenkonflikt
V. Schacht, U. Lehmann, T. Reineke-Plaass, F. Länger, B. Auber, S. Morlot und H.-H. Kreipe geben an, dass kein Interessenkonflikt besteht.
Dieser Beitrag beinhaltet keine von den Autoren durchgeführten Studien an Menschen oder Tieren. Alle Patienten, die über Bildmaterial oder anderweitige Angaben innerhalb des Manuskripts zu identifizieren sind, haben hierzu ihre schriftliche Einwilligung gegeben. Im Falle von nicht mündigen Patienten liegt die Einwilligung eines Erziehungsberechtigten oder des gesetzlich bestellten Betreuers vor.
Glossar Begriffe und Methoden
- cfDNA bzw. cftDNA
-
Freie zirkulierende (Tumor‑)DNA, durch Tumorzelluntergang in die Zirkulation abgegebene DNA-Fragmente, aus Plasma isolierbar
- CGH bzw. aCGH
-
Komparative genomische Hybridisierung (aCGH: Array-basiert), genomweite Erfassung aller Zugewinne bzw. Verlust mittels kompetitiver (= komparativer) Hybridisierung auf Metaphasenchromosomen, erfasst keine balancierten Translokationen, benötigt sehr viel DNA, sehr aufwendig in Durchführung und Auswertung
- CNV
-
„Copy number variation“, Kopienzahlveränderung eines Gens oder Chromosomenabschnitts, meist im Sinne einer Erhöhung (= Amplifikation)
- dPCR
-
„Digital PCR“ (auch: „digital droplet PCR“), Variante der quantitativen PCR, sensitiver und robuster, besonders geeignet für den Nachweis von Punktmutationen
- FISH
-
Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung, Visualisierung genetischen Materials in Zellen mittels Gensonden, Goldstandard für den Nachweis von Translokationen und Kopienzahlveränderungen im Genom
- ISH bzw. CISH
-
(Chromogene) In-situ-Hybridisierung, im Prinzip wie FISH, Visualisierung mittels Chromogen, Auswertung in Hellfeldmikroskopie, meist für den Nachweis von Pathogenen eingesetzt (z. B. humanes Papilloma-Virus [HPV] oder Epstein-Barr-Virus [EBV])
- „Liquid biopsy“
-
Blutprobe, in der tumorspezifische Parameter (wie z. B. Mutationen) nachgewiesen werden, die normalerweise in einer Gewebeprobe untersucht werden, erfordert spezielle Probengewinnung, Transportröhrchen und Aufarbeitung, im weiteren Sinne: alle Körperflüssigkeiten, in denen Gewebemarker nachgewiesen werden (z. B. Liquor, Urin oder Prostatasekret)
- NGS
-
„Next generation sequencing“, Hochdurchsatzsequenzierungsverfahren, ermöglicht Ganzgenomsequenzierung in wenigen Tagen, teils „MPS“ genannt: „massive Parallelsequenzierung“
- Panelsequenzierung
-
Gleichzeitige Sequenzierung mehrerer Gene (spezifisch für ein Krankheitsbild) mittels NGS, auch „targeted resequencing“ genannt, „kleines“ Panel: ca. 10 bis 50 Gene, „großes“ Panel: bis zu ca. 1000 Genen
- Pyrosequenzierung
-
Alternative DNA-Sequenzierungsmethode, besonders geeignet für die Analyse von Mutationshotspots, sensitiver, preiswerter und schneller als Sanger-Sequenzierung
- Sanger-Sequenzierung
-
Nach ihrem Erfinder benannte Methode zur DNA-Sequenzierung, die für viele Anwendungen nach wie vor der Goldstandard ist. Nachteil: geringe Sensitivität, hoher Material- und Arbeitsaufwand pro Sequenzierung, genetische Mosaike nicht nachweisbar
- TMB
-
„Tumor mutational burden“, Zahl der Mutationen pro Megabase Tumorgenom, ein hoher TMB-Wert korreliert in Studien mit dem Ansprechen auf Immuncheckpoint-Therapie
- WES
-
„Whole exom sequencing“, Sequenzierung aller Exome aller ca. 20.000 für Proteine kodierenden menschlichen Gene
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Schacht, V., Lehmann, U., Reineke-Plaass, T. et al. Möglichkeiten und Grenzen der Molekularpathologie in der Dermatohistologie. Hautarzt 69, 563–569 (2018). https://doi.org/10.1007/s00105-018-4206-6
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Issue Date:
DOI: https://doi.org/10.1007/s00105-018-4206-6
Schlüsselwörter
- Mutation
- Monoklonales Wachstum
- Polymerasekettenreaktion
- Sequenzierung
- Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung