Verwandtschaftsbeziehungen in E. Coli Promotorsequenzen, dargestellt durch Dubletthäufigkeiten

Zusammenfassung

Die Korrelation der Häufigkeiten des Vorkommens von Nukleotid-Dubletts wird als Methode vorgeschlagen, um den Verwandtschaftsgrad von wenig verwandten Nukleinsäure — Sequenzen zu beurteilen. Das Verfahren wurde herangezogen, um die wechselweisen Beziehungen von Sequenzmerkmalen in 14 E. Coli Promotoren zu bewerten (Daten nach /3/). Aus dem Vergleich homologer Abschnitte außerhalb der sogenannten Konsensusboxen kann eine Rangfolge der Korrelierbarkeit der Promotoren abgeleitet werden, die als Distanz zu einem hypothetischen Urpromotor interpretierbar ist. Die Korrelation zwischen nichthomologen Abschnitten weist auf einen unterschiedlichen Verwandtschaftsgrad von Abschnitten innerhalb der Promotorkette hin, der möglicherweise auch mit der Promotorstärke als funktionellem Parameter zusammenhängt.