Skip to main content
SpringerLink
Log in

Computer simulation of lipid membranes: Methodology and achievements

  • Published:
Polymer Science Series C Aims and scope Submit manuscript

Abstract

Rapid development of computer power during the last decade has made molecular simulations of lipid bilayers feasible for many research groups, which, together with the growing general interest in investigations of these very important biological systems has lead to tremendous increase of the number of research on the computational modeling of lipid bilayers. In this review, we give account of the recent progress in computer simulations of lipid bilayers covering mainly the period of the last 7 years, and covering only several selected subjects: methodological (development of the force fields for lipid bilayer simulations, use of coarse-grained models) and scientific (studies of the role of lipid unsaturation, and the effect of cholesterol and other inclusions on properties of the bilayer).

This is a preview of subscription content, log in via an institution to check access.

Access this article

Log in via an institution

Price excludes VAT (USA)
Tax calculation will be finalised during checkout.

Instant access to the full article PDF.

Institutional subscriptions

Similar content being viewed by others

References

  1. A. J. Kox, J. P. J. Michels, and F. W. Wiegel, Nature 287, 317 (1980).

    Article  CAS  Google Scholar 

  2. P. Van der Ploeg and H. J. C. Berendsen, J. Chem. Phys. 76, 3271 (1982).

    Article  Google Scholar 

  3. P. Van der Ploeg and H. J. C. Berendsen, Mol. Phys. 49, 233 (1982).

    Article  Google Scholar 

  4. K. V. Damodaran and K. M. Merz, Computer Simulation of Lipid Systems in Reviews in Computational Chemistry, Ed. by K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd (VCH, New York, 1994), Vol. 5, p. 269.

  5. O. G. Mouritsen and K. Jorgensen, Chem. Phys. Lipids 73, 3 (1994).

    Article  CAS  Google Scholar 

  6. R. W. Pastor, Curr. Opin. Struct. Biol. 4, 486 (1994).

    Article  CAS  Google Scholar 

  7. O. G. Mouritsen, M. M. Sperotto, J. Risbo, Z. Zhang, and M. J. Zuckermann, Adv. Comput. Biol. 2, 15 (1996).

    Article  CAS  Google Scholar 

  8. E. Jacobsson, Trends Biochem. Sci. 22, 339 (1997).

    Article  Google Scholar 

  9. D. P. Tieleman, S. J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, Biochim. Biophys. Acta 1331, 235 (1997).

    Article  CAS  Google Scholar 

  10. D. J. Tobias, K. Tu, and M. L. Klein, Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2, 15 (1997).

    Article  CAS  Google Scholar 

  11. M. Merz, Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 511 (1997).

    Article  CAS  Google Scholar 

  12. H. J. C. Berendsen and D. P. Tieleman, in Encyclopedia of Computational Chemistry, Ed. by R. Schleyer, (Wiley, New York, Chichester, et al., 1998), p. 1639.

  13. S. E. Feller and A. D. MacKerell, J. Phys. Chem. B 104, 7510 (2000).

    Article  CAS  Google Scholar 

  14. S. E. Feller, Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 5, 217 (2000).

    Article  CAS  Google Scholar 

  15. L. R. Forrest and M. S. P. Sansom, Curr. Opin. Struct. Biol. 10, 174 (2000).

    Article  CAS  Google Scholar 

  16. S. E. Feller, in Molecular Dynamics Simulation of Phospholipid Bilayers in Lipid Bilayers. Structure and Interactions, Ed. by J. Katsaras and T. Gutberlet (Springer, Berlin, 2001), p. 89.

  17. D. J. Tobias, in Membrane Simulations in Computational Biochemistry and Biophysics, Ed. by O. H. Becker, A. D. MacKerell, B. Roux, and M. Watanabe (Marcel Dekker, New York, 2001), p. 465.

  18. H. L. Scott, Curr. Opin. Struct. Biol. 12, 495 (2002).

    Article  CAS  Google Scholar 

  19. T. Hansson, C. Oostenbrink, and W. F. Van Gunsteren, Curr. Opin. Struct. Biol. 12, 190 (2002).

    Article  CAS  Google Scholar 

  20. L. Saiz and M. L. Klein, Acc. Chem. Res. 35, 482 (2002).

    Article  CAS  Google Scholar 

  21. L. Saiz, S. Bandyopadhyay, and M. L. Klein, Biosci. Rep. 22, 151 (2002).

    Article  CAS  Google Scholar 

  22. L. Vigh, P. V. Escriba, A. Sonnleitner, M. Sonnleitner, S. Piotto, B. Maresca, I. Horvath, and J. L. Harwood, Prog. Lipid Res. 44, 303 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  23. Y.-H. M. Chan and S. G. Boxer, Curr. Opin. Chem. Biol. 11, 581 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  24. L. S. Vermeer, B. L. De Groot, V. Reat, A. Milon, and J. Czaplicki, Eur. Biophys. J. 36, 919 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  25. Computational Modeling of Membrane Bilayers. Current Topics in Membranes, Ed. by S. E. Feller (Elsevier, San Diego, 2008), Vol. 60, p. 448.

    Google Scholar 

  26. S. J. Marrink, A. H. De Vries, and D. P. Tieleman, Biochim. Biophys. Acta 1788, 149 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  27. S. A. Pandit and H. L. Scott, Biochim. Biophys. Acta 1788, 136 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  28. A. A. Gurtovenko, J. Anwar, and I. Vattulainen, Chem. Rev. 110, 6077 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  29. A. P. Lyubartsev and A. L. Rabinovich, Soft Matter 7, 25 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  30. K. Yanga and Y.-Q. Ma, Soft Matter 8, 606 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  31. A. D. MacKerell and L. Nilsson, Curr. Opin. Struct. Biol. 18, 194 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  32. E. Lindahl and M. S. P. Sansom, Curr. Opin. Struct. Biol. 18, 425 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  33. P. C. Whitford, K. Y. Sanbonmatsu, and J. N. Onuchic, Rep. Prog. Phys. 75, 076601 (2012).

    Article  Google Scholar 

  34. L. Javidpour, Comput. Sci. Eng. 14, 97 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  35. R. D. Toofanny and V. Daggett, WIREs Comput. Mol. Sci. 2, 405 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  36. B. J. Grant, A. A. Gorfe, and J. A. McCammon, Curr. Opin. Struct. Biol. 20, 142 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  37. A. Amadei, I. Daidone, A. Di Nola, and M. Aschi, Curr. Opin. Struct. Biol. 20, 155 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  38. B. O. Villoutreix and O. Sperandio, Curr. Opin. Struct. Biol. 20, 168 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  39. J. Wereszczynski and J. A. McCammon, Quart. Rev. Biophys. 45, 1 (2012)

    Article  CAS  Google Scholar 

  40. F. L. H. Brown, Quart. Rev. Biophys. 44, 391 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  41. X. Zhang, P. Tanner, A. Graff, C. G. Palivan, and W. Meier, J. Polym. Sci., Part A: Polym. Chem. 50, 2293 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  42. J. Hermans, H. J. C. Berendsen, W. F. Van Gunsteren, and J. P. M. Postma, Biopolymers 23, 1513 (1984).

    Article  CAS  Google Scholar 

  43. L. D. Schuler, X. Daura, and W. F. Van Gunsteren, J. Comput. Chem. 22, 1205 (2001).

    Article  CAS  Google Scholar 

  44. I. Chandrasekhar, M. Kastenholz, R. D. Lins, C. Oostenbrink, L. D. Schuler, D. P. Tieleman, and W. F. Van Gunsteren, Eur. Biophys. J. 32, 67 (2003).

    CAS  Google Scholar 

  45. A. D. Mackerell, J. Wiorkiewicz-Kuczera, and M. Karplus, J. Am. Chem. Soc. 117, 11946 (1995).

    Article  CAS  Google Scholar 

  46. A. D. Mackerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fisher, J. Gao, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 102, 3586 (1998).

    Article  CAS  Google Scholar 

  47. O. Berger, O. Edholm, and F. Jahnig, Biophys. J. 72, 2002 (1997).

    Article  CAS  Google Scholar 

  48. E. Lindahl, B. Hess, and D. Van der Spoel, J. Mol. Model. 7, 306 (2001).

    CAS  Google Scholar 

  49. A. P. Eichenberger, J. R. Allison, J. Dolenc, D. P. Geerke, B. A. C. Horta, K. Meier, C. Oostenbrink, N. Schmid, D. Steiner, D. Wang, and W. F. Van Gunsteren, J. Chem. Theory Comput. 7, 3379 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  50. S. E. Feller, D. Yin, R. W. Pastor, and A. D. MacKerell, Biophys. J. 73, 2269 (1997).

    Article  CAS  Google Scholar 

  51. J. B. Klauda, B. R. Brooks, A. D. MacKerell, R. M. Venable, and R. W. Pastor, J. Phys. Chem. B 109, 5300 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  52. L. Kale, R. Skeel, M. Bhandarkar, R. Brunner, A. Gursoy, N. Krawetz, J. Phillips, A. Shinozaki, K. Varadarajan, and K. Schulten, J. Comput. Phys. 151, 283 (1999).

    Article  CAS  Google Scholar 

  53. J. Wang, R. M. Wolf, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, and D. A. Case, J. Comput. Chem. 25, 1157 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  54. B. Jójárt and T. A. Martinek, J. Comput. Chem. 28, 2051 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  55. D. Poger and A. E. Mark, J. Chem. Theory Comput. 6, 325 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  56. R. W. Benz, F. Castro-Roman, D. J. Tobias, and S. H. White, Biophys. J. 88, 805 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  57. C.-J. Högberg and A. P. Lyubartsev, J. Phys. Chem. B 110, 14326 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  58. C. Anezo, A. H. De Vries, H.-D. Holtje, D. P. Tieleman, and S.-J. Marrink, J. Phys. Chem. B 107, 9424 (2003).

    Article  CAS  Google Scholar 

  59. S. W. I. Siu, R. Vacha, P. Jungwirth, and R. A. Bockmann, J. Chem. Phys. 128, 125103 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  60. P. Prakash and R. Sankararamakrishnan, J. Comput. Chem. 31, 266 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  61. S. W. Chiu, S. A. Pandit, H. L. Scott, and E. Jakobsson, J. Phys. Chem. B 113, 2748 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  62. D. Poger, W. F. Van Gunsteren, and A. E. Mark, J. Comput. Chem. 31, 1117 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  63. M. O. Jensen, O. G. Mouritsen, and G. H. Peters, Biophys. J. 86, 3556 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  64. M. T. Hyvönen and P. T. Kovanen, Eur. Biophys. J. 34, 294 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  65. J. Sonne, M. Ø. Jensen, F. Y. Hansen, L. Hemmingsen, and G. H. Peters, Biophys. J. 92, 4157 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  66. C.-J. Högberg, A. M. Nikitin, and A. P. Lyubartsev, J. Comput. Chem. 29, 2359 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  67. J. Gullingsrud and K. Schulten, Biophys. J. 86, 3496 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  68. J. B. Klauda, N. Ku erka, B. R. Brooks, R. W. Pastor, and J. F. Nagle, Biophys. J. 90, 2796 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  69. P. Prakash and R. Sankararamakrishnan, J. Comput. Chem. 31, 266 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  70. M. Roark and S. E. Feller, J. Phys. Chem. B 113, 13229 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  71. J. Sonne, F. Y. Hansen, and G. H. Peters, J. Chem. Phys. 122, 124903 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  72. U. R. Pedersen, G. H. Peters, and P. Westh, Biophys. Chem. 125, 104 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  73. J. Taylor, N. E. Whiteford, G. Bradley, and G. W. Watson, Biochim. Biophys. Acta 1788, 638 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  74. Y. Andoh, T. Ito, and S. Okazaki, Mol. Simul. 38, 414 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  75. J. Henin, W. Shinoda, and M. L. Klein, J. Phys. Chem. B 112, 7008 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  76. N. Sapay and D. P. Tieleman, J. Comput. Chem. 32, 1400 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  77. J. B. Klauda, R. M. Venable, J. A. Freites, J. W. O’Connor, D. J. Tobias, C. Mondragon-Ramires, I. Vorobyov, A. D. MacKerell, and R. W. Pastor, J. Phys. Chem. 114, 7830 (2010).

    CAS  Google Scholar 

  78. J. B. Lim, B. Rogaski, and J. B. Klauda, J. Phys. Chem. B 116, 203 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  79. E. T. Prates, P. C. T. Souza, M. Pickholz, and M. S. Skaf, Int. J. Quantum Chem. 111, 1339 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  80. R. W. Pastor and A. D. MacKerell, J. Phys. Chem., Lett. 2, 1526 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  81. X. Zhu, P. E. M. Lopes, A. D. MacKerell, WIREs Comput. Mol. Sci. 2, 167 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  82. J. P. M. Jämbeck and A. P. Lyubartsev, J. Phys. Chem. B 116, 3164 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  83. J. P. M. Jämbeck and A. P. Lyubartsev, J. Chem. Theory Comput. 8, 2938 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  84. K. V. Damodaran, K. M. Merz, and B. P. Gaber, Biochemistry 31, 7656 (1992).

    Article  CAS  Google Scholar 

  85. U. Essmann, L. Perera, and M. L. Berkowitz, Langmuir 11, 4519 (1995).

    Article  CAS  Google Scholar 

  86. P. B. Moore, C. F. Lopez, and M. L. Klein, Biophys. J. 81, 2484 (2001).

    Article  CAS  Google Scholar 

  87. C. F. Lopez, S. O. Nielsen, M. L. Klein, and P. B. Moore, J. Phys. Chem. B 108, 6603 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  88. L. Rosso and I. R. Gould, J. Comput. Chem. 29, 24 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  89. B. A. Bauer and S. Patel, Theor. Chem. Acc. 131, 1153 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  90. F. Castro-Román, R. W. Benz, S. H. White, and D. J. Tobias, J. Phys. Chem. B 110, 24157 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  91. J. B. Klauda, B. R. Brooks, and R. W. Pastor, J. Chem. Phys. 125, 144710 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  92. A. Vogel and S. E. Feller, J. Membr. Biol. 245, 23 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  93. Y. Wang, P. R. L. Markwick, C. A. F. De Oliveira, and J. A. McCammon, J. Chem. Theory Comput. 7, 3199 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  94. N. Ganesan, B. A. Bauer, T. R. Lucas, S. Patel, and M. Taufer, J. Comput. Chem. 32, 2958 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  95. M. Patra, M. Karttunen, M. Hyvönen, E. Falck, and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 108, 4485 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  96. R. M. Venable, L. E. Chen, and R. W. Pastor, J. Phys. Chem. B 113, 5855 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  97. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulations of Liquids (Clarendon, Oxford, 1987).

    Google Scholar 

  98. X. W. Wu and B. R. Brooks, J. Chem. Phys. 122, 044107 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  99. J. B. Klauda, X. Wu, R. W. Pastor, and B. R. Brooks, J. Phys. Chem. B 111, 4393 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  100. S. O. Nielsen, C. F. Lopez, G. Srinivas, and M. L. Klein, J. Phys.: Condens. Matter 16, R481 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  101. G. Brannigan, L. C. L. Lin, and F. L. H. Brown, Biophys. J. 35, 104 (2006).

    CAS  Google Scholar 

  102. M. Müller, K. Katsov, and M. Schick, Phys. Rep. 434, 113 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  103. M. Venturoli, M. M. Sperotto, M. Kranenburg, and B. Smit, Phys. Rep. 437, 1 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  104. G. S. Ayton, W. G. Noid, and G. A. Voth, Curr. Opin. Struct. Biol. 17, 192 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  105. J. Shillcock and R. Lipowsky, Biophys. Rev. Lett. 2, 33 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  106. M. L. Klein and W. Shinoda, Science 321, 798 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  107. J. Southern, J. Pitt-Francis, J. Whiteley, D. Stokeley, H. Kobashi, R. Nobes, Y. Kadooka, and D. Gavaghan, Prog. Biophys. Mol. Biol. 96, 60 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  108. G. S. Ayton and G. A. Voth, Curr. Opin. Struct. Biol. 19, 138 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  109. S. V. Bennun, M. I. Hoopes, C. Xing, and R. Faller, Chem. Phys. Lipids 159, 59 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  110. G. S. Ayton, E. Lyman, and G. A. Voth, Faraday Discuss. 144, 347 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  111. S. C. L. Kamerlin, S. Vicatos, A. Dryga, and A. Warshel, Annu. Rev. Phys. Chem. 62, 41 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  112. S. J. Marrink, A. H. De Vries, and A. E. Mark, J. Phys. Chem. B 108, 750 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  113. S. J. Marrink, H. J. Risselada, S. Yefimov, D. P. Tieleman, and A. H. De Vries, J. Phys. Chem. B 111, 7812 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  114. L. Monticelli, S. K. Kandasamy, X. Periole, R. G. Larson, D. P. Tieleman, and S. J. Marrink, J. Chem. Theory Comput. 112, 819 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  115. C. A. Lopez, A. J. Rzepiela, A. H. De Vries, L. Dijkhuizen, P. H. Hunenberger, and S. J. Marrink, J. Chem. Theory Comput. 95, 3195 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  116. Z. Wu, Q. Cui, and A. Yethiraj, J. Chem. Theory Comput. 7, 3793 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  117. H. J. Risselada and S. J. Marrink, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 3, 17367 (2008).

    Article  Google Scholar 

  118. S. Baoukina, L. Monticelli, H. J. Risselada, S. J. Marrink, and D. P. Tieleman, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105, 12462 (2008).

    Article  Google Scholar 

  119. Z. L. Wang and X. H. He, J. Chem. Phys. 130, 094905 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  120. W. F. D. Bennett, J. L. MacCallum, and D. P. Tieleman, J. Am. Chem. Soc. 131, 1972 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  121. Y. Li, X. Chen, and N. Gu, J. Phys. Chem. B 112, 16647 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  122. L. Monticelli, E. Salonen, P. C. Ke, and I. Vattulainen, Soft Matter 5, 4433 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  123. Y. Li and N. Gu, J. Phys. Chem. B 114, 2749 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  124. X. B. Lin, Y. Li, and N. Gu, J. Comput. Theor. Nanosci. 7, 269 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  125. J. P. P. Ramalho, P. Gkeka, and L. Sarkisov, Langmuir 27, 3723 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  126. T. Nagai and Y. Okamoto, Mol. Simul. 38, 437 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  127. S. Esteban-Martin, H. J. Risselada, J. Salgado, and S. J. Marrink, J. Am. Chem. Soc. 131, 15194 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  128. H. J. Risselada and S. J. Marrink, Phys. Chem. Chem. Phys. 11, 2056 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  129. H. J. Risselada and S. J. Marrink, Soft Matter 5, 4531 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  130. C. Rosetti and C. Pastorino, J. Phys. Chem. B 115, 1002 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  131. J. D. Perlmutter and J. N. Sachs, J. Am. Chem. Soc. 133, 6563 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  132. M. C. Watson, E. S. Penev, P. M. Welch, and F. L. H. Brown, J. Chem. Phys. 135, 244701 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  133. C. Rosetti and C. Pastorino, J. Phys. Chem. B 116, 3525 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  134. J. M. Rodgers, J. Sorensen, F. J.-M. De Meyer, B. Schiott, and B. Smit, J. Phys. Chem. B 116, 1551 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  135. J. F. Kraft, M. Vestergaard, B. Schiott, and L. Thogersen, J. Chem. Theory Comput. 8, 1556 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  136. M. J. Hinner, S. J. Marrink, and A. H. De Vries, J. Phys. Chem. B 113, 15807 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  137. S. A. Sanders and A. Z. Panagiotopoulos, J. Chem. Phys. 132, 114902 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  138. S. O. Yesylevskyy, L. V. Schafer, D. Sengupta, and S. J. Marrink, PLoS Comput. Biol. 6, e1000810 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  139. A. Y. Shih, A. Arkhipov, P. L. Freddolino, and K. Schulten, J. Phys. Chem. B 110, 3674 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  140. A. Arkhipov, Y. Yin, and K. Schulten, Biophys. J. 95, 2806 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  141. A. Y. Shih, P. L. Freddolino, A. Arkhipov, and K. Schulten, J. Struct. Biol. 157, 579 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  142. A. Y. Shih, A. Arkhipov, P. L. Freddolino, S. G. Sligar, and K. Schulten, J. Chem. Phys. B 111, 11095 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  143. Y. Yin, A. Arkhipov, and K. Schulten, Structure 17, 882 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  144. A. Arkhipov, Y. Yin, and K. Schulten, Biophys. J. 97, 2727 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  145. M. Orsi, D. Y. Haubertin, W. E. Sanderson, and J. W. Essex, J. Phys. Chem. B 112, 802 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  146. M. Orsi, J. Michel, and J. W. Essex, J. Phys.: Condens. Matter 22, 155106 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  147. J. C. Shelley, M. Y. Shelley, R. C. Reeder, S. Bandyopadhyay, and M. L. Klein, J. Phys. Chem. B 105, 4464 (2001).

    Article  CAS  Google Scholar 

  148. I. R. Cooke and M. Deserno, J. Chem. Phys. 123, 224710 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  149. A. P. Lyubartsev, Eur. Biophys. J. 35, 53 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  150. S. Izvekov and G. A. Voth, J. Chem. Theory Comput. 2, 637 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  151. J. C. Shelley, M. Y. Shelley, R. C. Reeder, S. Bandyopadhyay, P. B. Moore, and M. L. Klein, J. Phys. Chem. B 105, 9785 (2001).

    Article  CAS  Google Scholar 

  152. M. J. Stevens, J. Chem. Phys. 121, 11942 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  153. S. Izvekov and G. A. Voth, J. Phys. Chem. B 109, 2469 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  154. W. G. Noid, J.-W. Chu, G. S. Ayton, V. Krishna, S. Izvekov, G. A. Voth, A. Das, and H. C. Andersen, J. Chem. Phys. 128, 244114 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  155. S. Izvekov and G. A. Voth, J. Phys. Chem. B 113, 4443 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  156. L. Lu and G. A. Voth, J. Phys. Chem. B 113, 1501 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  157. G. S. Ayton and G. A. Voth, J. Phys. Chem. B 113, 4413 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  158. A. P. Lyubartsev and A. Laaksonen, Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 52, 3730 (1995).

    Article  CAS  Google Scholar 

  159. D. Reith, M. Pütz, and F. Müller-Plathe, J. Comput. Chem. 24, 1624 (2003).

    Article  CAS  Google Scholar 

  160. A. P. Lyubartsev, Y. Tu, and A. Laaksonen, J. Comput. Theor. Nanosci. 6, 951 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  161. A. P. Lyubartsev, A. Mirzoev, L. J. Chen, and A. Laaksonen, Faraday Discuss. 144, 43 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  162. K. R. Hadley and C. McCabe, J. Chem. Phys. 132, 134505 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  163. T. Murtola, E. Falck, M. Karttunen, and I. Vattulainen, J. Chem. Phys. 126, 075101 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  164. W. K. Den Otter, J. Chem. Phys. 131, 205101 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  165. B. West, F. L. H. Brown, and F. Schmid, Biophys. J. 96, 101 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  166. B. W. Reynwar and M. Deserno, Biointerfaces 3, FA117 (2008).

    Google Scholar 

  167. P. J. Stansfeld and M. S. P. Sansom, J. Chem. Theory Comput. 7, 1157 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  168. F. De Meyer and B. Smit, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 95, 3654 (2009).

    Article  Google Scholar 

  169. F. Schmid, D. Duchs, O. Lenz, and B. West, Comput. Phys. Commun. 177, 168 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  170. M. Hömberg and M. Müller, J. Chem. Phys. 132, 155104 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  171. J. Neder, B. West, P. Nielaba, and F. Schmid, J. Chem. Phys. 112, 115101 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  172. H. Noguchi, J. Chem. Phys. 134, 055101 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  173. A. De Nicola, Y. Zhao, T. Kawakatsu, D. Roccatano, and G. Milano, J. Chem. Theory Comput. 7, 2947 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  174. A. De Nicola, Y. Zhao, T. Kawakatsu, D. Roccatano, and G. Milano, Theor. Chem. Acc. 131, 1167 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  175. D. A. Pantano, P. B. Moore, M. L. Klein, and D. E. Discher, Soft Matter 7, 8182 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  176. K. R. Hadley and C. McCabe, Soft Matter 8, 4802 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  177. L. J. D. Frink, A. L. Frischknecht, M. A. Heroux, M. L. Parks, and A. G. Salinger, J. Chem. Theory Comput. 8, 1393 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  178. M. Hömberg and M. Müller, Eur. Phys. Lett. 97, 68010 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  179. E. A. Dratz and A. J. Deese, in Biological Membranes: Examples from Photoreceptors and Model Membrane Bilayers in the Health Effects of Polyunsaturated Fatty Acids in Seafoods, Ed. by A. P. Simopoulous, R. R. Kifer, and R. E. Martin (Academic, Washington, 1986), p. 319.

  180. A. L. Rabinovich and P. O. Ripatti, Usp. Sovrem. Biol. 114, 581 (1994).

    CAS  Google Scholar 

  181. A. L. Rabinovich, P. O. Ripatti, N. K. Balabaev, and F. A. M. Leermakers, Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 67, 011909 (2003).

    Article  CAS  Google Scholar 

  182. R. C. Valentine and D. L. Valentine, Prog. Lipid Res. 43, 383 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  183. S. E. Feller and K. Gawrisch, Curr. Opin. Struct. Biol. 15, 416 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  184. K. Gawrisch, O. Soubias, and M. Mihailescu, Prostagl. Leukotr. Essent. Fatty Acids 79, 131 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  185. W. Stillwell, Chem. Phys. Lipids 153, 1 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  186. S. R. Wassall and W. Stillwell, Biochim. Biophys. Acta 1788, 24 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  187. D. B. Jump, D. Botolin, Y. Wang, J. Xu, O. Demeure, and B. Christian, Chem. Phys. Lipids 153, 3 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  188. R. S. Chapkin, J. Seo, D. N. McMurray, and J. R. Lupton, Chem. Phys. Lipids 153, 14 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  189. S. R. Shaikh and M. Edidin, Chem. Phys. Lipids 153, 24 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  190. H. Y. Kim, Chem. Phys. Lipids 153, 34 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  191. R. A. Siddiqui, K. Harvey, and W. Stillwell, Chem. Phys. Lipids 153, 47 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  192. N. V. Eldho, S. E. Feller, S. Tristram-Nagle, I. V. Polozov, and K. Gawrisch, J. Am. Chem. Soc. 125, 6409 (2003).

    Article  CAS  Google Scholar 

  193. L. Koubi, L. Saiz, M. Tarek, D. Scharf, and M. L. Klein, J. Phys. Chem. B 107, 14500 (2003).

    Article  CAS  Google Scholar 

  194. F. A. M. Leermakers, A. L. Rabinovich, and N. K. Balabaev, Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 67, 011910 (2003).

    Article  CAS  Google Scholar 

  195. A. L. Rabinovich, P. O. Ripatti, and N. K. Balabaev, Proc. SPIE 5127, 54 (2003).

    Article  CAS  Google Scholar 

  196. S. R. Shaikh, V. Cherezov, M. Caffrey, W. Stillwell, and S. R. Wassall, Biochemistry 42, 12028 (2003).

    Article  CAS  Google Scholar 

  197. M. C. Pitman, F. Suits, A. D. MacKerell, and S. E. Feller, Biochem. 43, 15318 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  198. A. L. Rabinovich, P. O. Ripatti, and N. K. Balabaev, Russ. J. Phys. Chem. 78, 1004 (2004).

    Google Scholar 

  199. M. Carrillo-Tripp and S. E. Feller, Biochemistry 44, 10164 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  200. A. L. Rabinovich, N. K. Balabaev, M. G. Alinchenko, V. P. Voloshin, N. N. Medvedev, and P. Jedlovszky, J. Chem. Phys. 122, 084906 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  201. A. L. Rabinovich, P. O. Ripatti, and N. K. Balabaev, in Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences, Ed. by Kh. Kholmurodov (Nova Sci., New York, 2006), p. 15.

  202. S. Ollila, M. T. Hyvonen, and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 111, 3139 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  203. A. L. Rabinovich, V. V. Kornilov, N. K. Balabaev, F. A. M. Leermakers, and A. V. Filippov, Biochem., Ser. A: Membr. Cell Biol. 1, 343 (2007).

    Google Scholar 

  204. S. E. Feller, Chem. Phys. Lipids 10, 76 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  205. S. J. Marrink, A. H. De Vries, T. A. Harroun, J. Katsaras, and S. R. Wassall, J. Am. Chem. Soc. 130, 10 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  206. W. F. D. Bennett, J. L. MacCallum, M. J. Hinner, S. J. Marrink, and D. P. Tieleman, J. Am. Chem. Soc. 131, 12714 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  207. M. Bachar, P. Brunelle, D. P. Tieleman, and A. Rauk, J. Phys. Chem. B 108, 7170 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  208. A. H. De Vries, A. E. Mark, and S. J. Marrink, J. Phys. Chem. B 108, 2454 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  209. S. A. Pandit, S. Vasudevan, S. W. Chiu, R. J. Mashl, E. Jakobsson, and H. L. Scott, Biophys. J. 87, 1092 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  210. S. A. Pandit, E. Jakobsson, and H. L. Scott, Biophys. J. 87, 3312 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  211. D. P. Tieleman, BMC Biochem. 5, 10 (2004).

    Article  Google Scholar 

  212. S. Y. Bhide and M. L. Berkowitz, J. Chem. Phys. 123, 224702 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  213. P. T. Vernier, M. J. Ziegler, Y. Sun, W. V. Chang, M. A. Gundersen, and D. P. Tieleman, J. Am. Chem. Soc. 128, 6288 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  214. J. Aittoniemi, P. S. Niemela, M. T. Hyvonen, M. Karttunen, and I. Vattulainen, Biophys. J. 92, 1125 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  215. S. Y. Bhide, Z. Zhang, and M. L. Berkowitz, Biophys. J. 92, 1284 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  216. M. H. Cheng, L. T. Liu, A. C. Saladino, Y. Xu, and P. Tang, J. Phys. Chem. B 111, 14186 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  217. S. Leekumjorn and A. K. Sum, J. Phys. Chem. B 111, 6026 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  218. S. A. Pandit, S.-W. Chiu, E. Jakobsson, A. Grama, and H. L. Scott, Biophys. J. 92, 920 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  219. Z. Zhang, S. Y. Bhide, and M. L. Berkowitz, J. Phys. Chem. B 111, 12888 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  220. Q. Zhu, K. H. Cheng, and M. W. Vaughn, J. Phys. Chem. B 111, 11021 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  221. M. Dahlberg and A. Maliniak, J. Phys. Chem. B 112, 11655 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  222. H. Martinez-Seara, T. Rog, M. Pasenkiewicz-Gierula, I. Vattulainen, M. Karttunen, and R. Reigada, Biophys. J. 95, 3295 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  223. H. Martinez-Seara, T. Róg, M. Karttunen, R. Reigada, and I. Vattulainen, J. Chem. Phys. 129, 105103 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  224. S. Mondal and C. Mukhopadhyay, Langmuir 24, 10298 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  225. S. A. Pandit, S.-W. Chiu, E. Jakobsson, A. Grama, and H. L. Scott, Langmuir 24, 6858 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  226. M. Roark and S. E. Feller, Langmuir 24, 12469 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  227. Z. Zhang, L. Lu, and M. L. Berkowitz, J. Phys. Chem. B 112, 3807 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  228. S. P. Soni, J. A. Ward, S. E. Sen, S. E. Feller, and S. R. Wassall, Biochemistry 48, 11097 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  229. K. Ländesmäki, O. H. S. Ollila, A. Koivuniemi, P. T. Kovanen, and M. T. Hyvönen, Biochim. Biophys. Acta 1798, 938 (2010)

    Article  CAS  Google Scholar 

  230. D. V. Pyrkova, N. K. Tarasova, T. V. Pyrkov, N. A. Krylov, and R. G. Efremov, Soft Matter 7, 2569 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  231. N. Ku erka, B. W. Holland, C. G. Gray, B. Tomberli, and J. Katsaras, J. Phys. Chem. B 116, 232 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  232. L. Janosi and A. A. Gorfe, J. Chem. Theory Comput. 6, 3267 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  233. W. Zhao, A. A. Gurtovenko, I. Vattulainen, and M. Karttunen, J. Phys. Chem. B 116, 269 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  234. D. Aguayo, F. D. González-Nilo, and C. Chipot, J. Chem. Theory Comput. 8, 1765 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  235. A. H. De Vries, I. Chandrasekhar, W. F. Van Gunsteren, and P. H. Hunenberger, J. Phys. Chem. B 109, 11643 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  236. T. Schubert, E. Schneck, and M. Tanaka, J. Chem. Phys. 135, 055105 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  237. J. T. Kindt, Mol. Simul. 37, 516 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  238. M. Bulacu, X. Periole, and S. J. Marrink, Biomacromolec. 13, 196 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  239. J. S. Hub, T. Salditt, M. C. Rheinstadter, and B. L. De Groot, Biophys. J. 93, 3156 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  240. J. B. Klauda, M. F. Roberts, A. G. Redfield, B. R. Brooks, and R. W Pastor, Biophys. J. 94, 3074 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  241. S. Leekumjorn and A. K. Sum, Biochim. Biophys. Acta 1768, 354 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  242. J. Pimthon, R. Willumeit, A. Lendlein, and D. Hofmann, Biochim. Biophys. Acta 921, 136 (2009).

    Google Scholar 

  243. S.-S. Qin, Z. W. Yu, and Y.-X. Yu, J. Phys. Chem. B 113, 8114 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  244. P. S. Coppock and J. T. Kindt, Langmuir 25, 352 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  245. S. A. Pandit and H. L. Scott, J. Chem. Phys. 124, 014708 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  246. R. Notman, W. K. Den Otter, M. G. Noro, W. J. Briels, and J. Anwar, Biophys. J. 93, 2056 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  247. C. Das, P. D. Olmsted, and M. G. Noro, Soft Matter 5, 4549 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  248. R. Metcalf and S. A. Pandit, J. Phys. Chem. B 116, 4500 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  249. Z. Cournia, J. C. Smith, and G. M. Ullmann, J. Comput. Chem. 26, 1383 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  250. F. A. M. Leermakers and A. L. Rabinovich, Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 76, 031904 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  251. R. Zidovetzki and I. Levitan, Biochim. Biophys. Acta 1768, 1311 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  252. M. L. Berkowitz, Biochim. Biophys. Acta 1788, 86 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  253. J. Pan, S. Tristram-Nagle, and J. F. Nagle, Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 80, 021931 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  254. S. R. Wassall and W. Stillwell, Chem. Phys. Lipids 153, 57 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  255. N. Ku erka, D. Marquardt, T. A. Harroun, M.-P. Nieh, S. R. Wassall, De D. H. Jong, L. V. Scha- fer, S. J. Marrink, and J. Katsaras, Biochem. 49, 7485 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  256. M. Mihailescu, R. G. Vaswani, E. Jardón-Valadez, F. Castro-Román, J. A. Freites, D. L. Worcester, A. R. Chamberlin, D. J. Tobias, and S. H. White, Biophys. J. 100, 1455 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  257. M. Alwarawrah, J. Dai, and J. Huang, J. Phys. Chem. B 114, 7516 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  258. Y. Andoh, K. Oono, S. Okazaki, and I. Hatta, J. Chem. Phys. 136, 155104 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  259. S. Jo, H. Rui, J. B. Lim, J. B. Klauda, and W. Im, J. Phys. Chem. B 114, 13342 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  260. C. L. Wennberg, D. Van de Spoel, and J. S. Hub, J. Am. Chem. Soc. 134, 5351 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  261. H. Saito and W. Shinoda, J. Phys. Chem. B 115, 15241 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  262. J. De Joannis, P. S. Coppock, F. Yin, M. Mori, A. Zamorano, and J. T. Kindt, J. Am. Chem. Soc. 133, 3625 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  263. I. P. Sugár and P. L.-G. Chong, J. Am. Chem. Soc. 134, 1164 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  264. J. Zidar, F. Merzel, M. Hodošček, K. Rebolj, K. Sepčić, P. Maček, and D. Janežić, J. Phys. Chem. B 113, 15795 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  265. W. F. D. Bennett and D. P. Tieleman, J. Lipid Res. 53, 421 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  266. K. Mori, M. I. Mahmood, S. Neya, K. Matsuzaki, and T. Hoshino, J. Phys. Chem. B 116, 5111 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  267. M. Fraňová, J. Repáková, P. Čapková, J. M. Holopainen, and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 114, 2704 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  268. A. Hall, T. Rog, and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 115, 14424 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  269. T. J. Yacoub, A. S. Reddy, and I. Szleifer, Biophys. J. 101, 378 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  270. M. Patra, E. Salonen, E. Terama, I. Vattulainen, R. Faller, B. W. Lee, J. Holopainen, and M. Karttunen, Biophys. J. 90, 1121 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  271. C.-J. Högberg, A. Maliniak, and A. P. Lyubartsev, Biophys. Chem. 125, 416 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  272. V. Castro, B. Stevensson, S. V. Dvinskikh, C.-J. Högberg, A. P. Lyubartsev, H. Zimmermann, D. Sandström, and A. Maliniak, Biochim. Biophys. Acta 1778, 2604 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  273. C.-J. Högberg and A. P. Lyubartsev, Biophys. J. 94, 525 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  274. E. Terama, O. H. S. Ollila, E. Salonen, A. C. Rowat, C. Trandum, P. Westh, M. Patra, M. Karttunen, and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 112, 4131 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  275. R. C. Bernardi, D. E. Gomes, R. Gobato, C. A. Taft, A. T. Ota, and P. G. Pascutti, Mol. Phys. 107, 1437 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  276. R. D. Porasso, W. F. D. Bennett, S. D. Oliveira-Costa, and J. J. L. Cascales, J. Phys. Chem. B 113, 9988 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  277. S. Vemparala, C. Domene, and M. L. Klein, Acc. Chem. Res. 132, 103 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  278. E. H. Mojumdar and A. P. Lyubartsev, Biophys. Chem. 153, 27 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  279. J. J. L. Cascales, S. D. O. Costa, and R. D. Porasso, J. Chem. Phys. 135, 135103 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  280. R. C. Bernardi and P. G. Pascutti, J. Chem. Theory Comput. 8, 2197 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  281. P.-L. Chau, P. Jedlovszky, P. N. M. Hoang, and S. Picaud, J. Mol. Liq. 147, 128 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  282. P.-L. Chau, K. M. Tub, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. J. Roser, R. Barker, and N. Matubayasi, Mol. Phys. 110, 1461 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  283. P.-L. Chau, P. N. M. Hoang, S. Picaud, and P. Jedlovszky, Chem. Phys. Lett. 438, 294 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  284. A. A. Gurtovenko and J. Anwar, J. Phys. Chem. B 113, 1983 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  285. B. Griepernau, S. Leis, M. F. Schneider, M. Sikor, D. Steppich, and R. A. Böckmann, Biochim. Biophys. Acta — Biomembr. 1768, 2899 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  286. T. Mavromoustakos, P. Chatzigeorgiou, C. Koukoulitsa, and S. Durdagi, Int. J. Quantum Chem. 111, 1172 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  287. D. Bemporad, J. W. Essex, and C. Luttmann, Biochim. Biophys. Acta 1718, 1 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  288. T. Sugii, S. Takagi, and Y. Matsumoto, J. Chem. Phys. 123, 184714 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  289. Z. Zhang and M. L. Berkowitz, J. Phys. Chem. B 113, 7676 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  290. S. Y. Bhide and M. L. Berkowitz, J. Chem. Phys. 125, 094713 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  291. M. L. Berkowitz, D. L. Bostick, and S. Pandit, Chem. Rev. 106, 1527 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  292. D. Robinson, N. A. Besley, P. O’Shea, and J. D. Hirst, J. Comput. Chem. 32, 2613 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  293. J. N. Sachs, H. Nanda, H. I. Petrache, and T. B. Woolf, Biophys. J. 86, 3772 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  294. A. A. Gurtovenko and I. Vattulainen, J. Am. Chem. Soc. 127, 17570 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  295. A. A. Gurtovenko, J. Chem. Phys. 122, 244902 (2005).

    Article  CAS  Google Scholar 

  296. A. A. Gurtovenko and I. Vattulainen, Biophys. J. 92, 1878 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  297. R. A. Böckmann, B. L. De Groot, S. Kakorin, E. Neumann, and H. Grubmüller, Biophys. J. 95, 1837 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  298. A. Cordomi, O. Edholm, and J. J. Perez, J. Phys. Chem. B 112, 1397 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  299. A. Dickey and R. Faller, Biophys. J. 95, 2636 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  300. A. A. Gurtovenko and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 112, 1953 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  301. A. A. Gurtovenko and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 112, 4629 (2008).

    Article  CAS  Google Scholar 

  302. A. Cordomi, O. Edholm, and J. J. Perez, J. Chem. Theory Comput. 5, 2125 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  303. A. A. Gurtovenko and I. Vattulainen, J. Chem. Phys. 130, 215107 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  304. A. A. Gurtovenko and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 113, 7194 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  305. R. Vácha, S. W. I. Siu, M. Petrov, R. A. Böckmann, J. Barucha-Kraszewska, P. Jurkiewicz, M. Hof, M. L. Berkowitz, and P. Jungwirth, J. Phys. Chem. A 113, 7235 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  306. J. N. Sachs, P. S. Crozier, and T. B. Woolf, J. Chem. Phys. 121, 10847 (2004).

    Article  CAS  Google Scholar 

  307. S. Pöyry, T. Róg, M. Karttunen, and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 113, 15513 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  308. M. S. Miettinen, A. A. Gurtovenko, I. Vattulainen, and M. Karttunen, J. Phys. Chem. B 113, 9226 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  309. A. Magarkar, E. Karakas, M. Stepniewski, T. Róg, and A. Bunker, J. Phys. Chem. B 116, 4212 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  310. L. M. S. Loura and J. P. P. Ramalho, Molecules 16, 5437 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  311. A. Debnath, K. G. Ayappa, V. Kumaran, and P. K. Maiti, J. Phys. Chem. B 113, 10660 (2009).

    Article  CAS  Google Scholar 

  312. A.-T. Kuo, C.-H. Chang, and W. Shinoda, Langmuir 282, 8156 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  313. U. H. N. Dürr, S. Afonin, B. Hoff, G. De Luca, J. W. Emsley, and A. S. Ulrich, J. Phys. Chem. B 116, 4769 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  314. A. CordomÍ, J. Prades, J. Frau, O. Vögler, S. S. Funari, J. J. Perez, P. V. Escriba, and F. Barcelo, J. Lipid Res. 51, 1113 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  315. N. D. Winter and G. C. Schatz, J. Phys. Chem. B 114, 5053 (2010).

    Article  CAS  Google Scholar 

  316. M. Raghunathan, Y. Zubovski, R. M. Venable, R. W. Pastor, J. F. Nagle, and S. Tristram-Nagle, J. Phys. Chem. B 116, 3918 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  317. A. A. Gurtovenko and I. Vattulainen, J. Phys. Chem. B 111, 13554 (2007).

    Article  CAS  Google Scholar 

  318. P. T. Vernier, M. J. Ziegler, Y. Sun, M. A. Gundersen, and D. P. Tieleman, Phys. Biol. 3, 233 (2006).

    Article  CAS  Google Scholar 

  319. A. J. Makarucha, N. Todorova, and I. Yarovsky, Eur. Biophys. J. 40, 103 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  320. X. Li, Y. Shi, B. Miao, and Y. Zhao, J. Phys. Chem. B 116, 5391 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  321. H. Lee and H. Kim, J. Phys. Chem. C 116, 9327 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  322. A. A. Skandani, R. Zeineldin, and M. Al-Haik, Langmuir 28, 7872 (2012).

    Article  CAS  Google Scholar 

  323. J.-Q. Lin, Y.-G. Zheng, H.-W. Zhang, and Z. Chen, Langmuir 27, 8323 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  324. B. Song, H. Yuan, C. J. Jameson, and S. Murad, Mol. Phys. 109, 1511 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

  325. A. Jusufi, R. H. De Vane, W. Shinoda, and M. L. Klein, Soft Matter 7, 1139 (2011).

    Article  CAS  Google Scholar 

Download references

Author information

Authors and Affiliations

  1. Institute of Biology, Karelian Research Centre, Russian Academy of Sciences, 11 Pushkinskaya st., 185910, Petrozavodsk, Russia

    A. L. Rabinovich

  2. Division of Physical Chemistry, Department of Material and Environmental Chemistry, Stockholm University, Svante Arrhenius väg 16C, S 106 91, Stockholm, Sweden

    A. P. Lyubartsev

Authors
  1. A. L. Rabinovich
    View author publications

    You can also search for this author in PubMed Google Scholar

  2. A. P. Lyubartsev
    View author publications

    You can also search for this author in PubMed Google Scholar

Corresponding author

Correspondence to A. L. Rabinovich.

Additional information

The article is published in the original.

Rights and permissions

Reprints and permissions

About this article

Cite this article

Rabinovich, A.L., Lyubartsev, A.P. Computer simulation of lipid membranes: Methodology and achievements. Polym. Sci. Ser. C 55, 162–180 (2013). https://doi.org/10.1134/S1811238213070060

Download citation

  • Published:

  • Issue Date:

  • DOI: https://doi.org/10.1134/S1811238213070060

Keywords

Search

Navigation