Zusammenfassung
R bietet viele Möglichkeiten, die dabei helfen, Datenauswertungen zuverlässig und reproduzierbar zu machen.
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Notes
- 1.
Es ist nicht notwendig, R im interaktiven Modus zu starten, um ein Befehlsskript ausführen zu lassen, dafür existiert auch ein Batch-Modus, vgl. ?Rscript.
- 2.
Wird das einzulesende Skript nicht gefunden, ist zunächst mit dir() zu prüfen, ob das von R durchsuchte Verzeichnis (ohne explizite Angabe eines Pfades ist es das mit getwd() angezeigte Arbeitsverzeichnis) auch tatsächlich das Skript enthält.
- 3.
Da R mitshell() auch auf Funktionen des Betriebssystems zugreifen kann, sollten aus Sicherheitsgründen nur geprüfte Skripte aus vertrauenswürdiger Quelle ausgeführt werden.
- 4.
Ein vergleichbarer Ansatz sind Juypter Notebooks (Kluyver et al. 2016), die ebenfalls auf Dokumenten in Markdown-Syntax basieren und sich etwa mit der JupyterLab Entwicklungsumgebung erstellen lassen (Abschn. 1.1.4).
- 5.
- 6.
Eine Möglichkeit dafür bietet das Paket tinytex (Xie 2019, 2020b) mit install_tinytex(),
allgemein https://www.latex-project.org/get/
- 7.
- 8.
In LaTeX-Dokumenten beginnen Befehlsblöcke mit
und enden mit @, im Text eingebettete R-Befehle sind in
einzuschließen. Inline R-Befehle sind auch im YAML front matter möglich, wenn sie in Anführungszeichen stehen. Weitere Minimalbeispiele zeigt https://yihui.name/knitr/demo/minimal/ - 9.
- 10.
- 11.
Für die Identifizierung fast genau passender Zeichenketten vgl. die dortige Fußnote 61 sowie allgemein für Ansätze zum record linkage das PaketfastLink (Enamorado et al. 2018).
- 12.
https://ropensci.github.io/reproducibility-guide/ liefert eine Einführung. Der Abschnitt Reproducible Research der CRAN Task Views (Blischak und Hill 2020) stellt Pakete vor, die eine reproduzierbare Arbeitsweise unterstützen.
- 13.
- 14.
- 15.
https://git-scm.com/ – Tutorials finden sich unter https://happygitwithr.com/ und bei [Wickham 2015, Kap. 13]: http://r-pkgs.had.co.nz/git.html
und enden mit 
einzuschließen. Inline R-Befehle sind auch im YAML front matter möglich, wenn sie in Anführungszeichen stehen. Weitere Minimalbeispiele zeigt Author information
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Wollschläger, D. (2020). Zuverlässige und reproduzierbare Datenauswertung. In: Grundlagen der Datenanalyse mit R. Statistik und ihre Anwendungen. Springer Spektrum, Berlin, Heidelberg. https://doi.org/10.1007/978-3-662-61736-6_4
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DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-662-61736-6_4
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Publisher Name: Springer Spektrum, Berlin, Heidelberg
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Online ISBN: 978-3-662-61736-6
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