Wenn sich Organismen integrieren, entstehen Holobionten. Ein Holobiont ist ein Wirtsorganismus mit allen assoziierten Mikroorganismen als Einheit für die Selektion in der Evolution. Auch der Mensch, der auf der Haut, in Mund und Nase, im Verdauungssystem und sonstwo im Körper eine große Menge von Bakterien trägt, ist ein Holobiont. Wenn wir die Definition weiter fassen, ist ein Holobiont ein zentraler Organismus mit allen assoziierten Organismen als Einheit für die Selektion in der Evolution. Damit finden wir Holobionten auf höheren raum-zeitlichen Strukturen und allen Skalierungsebenen. Dazu gehören Symbiosen. Bei Endosymbiosen trägt der Wirt oder zentrale Organismus seine Partner im Inneren seiner Zellen. Hierzu gehören auch die Knöllchen der Leguminosen mit ihren stickstofffixierenden Bakterien. Eigentlich sind alle Eukaryonten Holobionten, weil sie ihre Organellen der Mitochondrien und Chloroplasten dadurch erworben haben, dass sie in den Urzeiten der Evolution prokaryotische Bakterien und Cyanobakterien geschluckt haben. Bei den Ektosymbiosen schließen sich Organismen zusammen, ohne sich zellulär zu durchdringen. Dazu gehören die Flechten als Ektosymbiosen von Pilzen und Algen oder Cyanobakterien und die Symbiosen von Höheren Pflanzen mit Pilzen, besonders auch im Wurzelbereich, die Mykorrhiza. Dadurch können ganze Wälder zu Holobionten werden. Damit steigen wir auf der Stufenleiter der Integration des Lebens der Pflanzen hoch und sehen Holobionten als Module für die Emergenz höher integrierter Systeme wie die Ökosysteme für die Biome und schließlich die Biome für die ganze Biosphäre der Erde als Supra-Holobiont.