Statistische Analyse von DNA-Sequenzen

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Zusammenfassung

Viele Aspekte der Bioinformatik handeln davon, biologische Situationen in eine symbolische Sprache zu übertragen. In Kap. 1 haben wir mit der Reduktion des linearen Moleküls DNA auf die Abfolge der unterschiedlichen Basen und der Identifikation eines Proteins mit der Abfolge von Aminosäuren entlang des Polypeptidstrangs schon Beispiele für solche Übertragungen kennengelernt. Diese Reduktion der Komplexität realer biologischer Zusammenhänge bildet eine notwendige Voraussetzung für weitere Untersuchungen. Eine wichtige Fragestellung ist dabei, welche biologischen (oder chemischen) Eigenschaften durch diese Übertragung ausgeblendet werden, also einer Analyse auf der Grundlage der Symbolsequenz nicht mehr zugänglich sind, und - umgekehrt - welche biologischen Eigenschaften in der Symbolsequenz gerade einfacher diskutiert werden können.

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Quellen und weiterführende Literatur

  1. Bernsel A, Viklund H, Hennerdal A, Elofsson A (2009) TOPCONS: consensus prediction of membrane protein topology. Nucleic Acids Res 37:W465–468PubMedCentralCrossRefPubMedGoogle Scholar
  2. Blackledge NP, Klose R (2011) CpG island chromatin: a platform for gene regulation. Epigenetics 6:147–152PubMedCentralCrossRefPubMedGoogle Scholar
  3. BoguskiM(1992) A molecular biologist visits Jurassic Park. Biotechniques 12:668–669Google Scholar
  4. Bosch K (1998) Statistik-Taschenbuch, 3. Aufl. Oldenbourg, MünchenGoogle Scholar
  5. Burge C, Karlin S (1997) Prediction of complete gene structures in human genomic DNA. J Mol Biol 268:78–94CrossRefPubMedGoogle Scholar
  6. Burge CB, Karlin S (1998) Finding the genes in genomic DNA. Curr Opin Struct Biol 8:346–354CrossRefPubMedGoogle Scholar
  7. Davies K (2001) Cracking the genome: inside the race to unlock human DNA. Free Press, New YorkGoogle Scholar
  8. Durbin R, Eddy SR, Krogh A, Mitchison G (1998) Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge University Press, CambridgeCrossRefGoogle Scholar
  9. Gardiner-Garden M, Frommer M (1987) CpG islands in vertebrate genomes. J Mol Biol 196:261–282CrossRefPubMedGoogle Scholar
  10. Hennerdal A, Elofsson A (2011) Rapid membrane protein topology prediction. Bioinformatics 27:1322–1323PubMedCentralCrossRefPubMedGoogle Scholar
  11. Honerkamp J (1990) Stochastische dynamische Systeme: Konzepte, numerischeMethoden, Datenanalysen. VCH, WeinheimGoogle Scholar
  12. Karlin S, Taylor HM (1975) A course in stochastic processes, 2. Aufl. Academic Press, New YorkGoogle Scholar
  13. Korf I, Flicek P, Duan D, Brent M (2001) Integrating genomic homology into gene structure prediction. Bioinformatics 17:140–148CrossRefGoogle Scholar
  14. Krengel U (2005) Einführung in die Wahrscheinlichkeitstheorie und Statistik, 8. Aufl. Vieweg, WiesbadenCrossRefGoogle Scholar
  15. Krogh A, Larsson B, von Heijne G, Sonnhammer E (2001) Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: application to complete genomes. J Mol Biol 305:567–580CrossRefPubMedGoogle Scholar
  16. Lander ES, Waterman MS (1988) Genomic mapping by fingerprinting random clones: a mathematical analysis. Genomics 2:231–239CrossRefPubMedGoogle Scholar
  17. Lesk AM (2010) Introduction to protein science, 2. Aufl. Oxford University Press, OxfordGoogle Scholar
  18. PerteaM, Salzberg SL (2010) Between a chicken and a grape: estimating the number of human genes. Genome Biol 11:206CrossRefGoogle Scholar
  19. Takai D, Jones P (2002) Comprehensive analysis of CpG islands in human chromosomes 21 and 22. PNAS 99:3740–3745PubMedCentralCrossRefPubMedGoogle Scholar
  20. Uysal S, Vásquez V, Tereshko V, Esaki K, Fellouse FA et al. (2009) Crystal structure of full-length KcsA in its closed conformation. PNAS 106:6644–6649PubMedCentralCrossRefPubMedGoogle Scholar
  21. Yandell M, Ence D (2012) A beginner’s guide to eukaryotic genome annotation. Nat Rev Genet 13:329–342CrossRefPubMedGoogle Scholar

Copyright information

© Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2016

Authors and Affiliations

  1. 1.Dep. of Life Sciences and ChemistryJacobs University BremenBremenDeutschland
  2. 2.Fak. Biotechnologie und BioinformatikHochschule Weihenstephan-TriesdorfFreisingDeutschland

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