Alignment-Verfahren

Zusammenfassung

Nachdem wir in dem vorangegangenen Kapitel einige grundlegende Algorithmen für das exakte String-Matching vorgestellt haben, werden wir uns in diesem Kapitel mit Problemen auseinandersetzen, die zum Beispiel im Umgang mit fehlerhaften String-Daten auftreten. Da die Daten, die uns in molekularbiologischen Anwendungen zur Verfügung stehen, immer experimentell gewonnen wurden, und somit mit Messfehlern behaftet sein können, wollen wir die Fragestellungen des vorherigen Kapitels verallgemeinern: Statt zwei Strings exakt miteinander zu vergleichen, möchten wir wissen, ob die gegebenen Strings ungefähr übereinstimmen, oder ob ein gegebenes Muster ungefähr als Teilstring in einem gegebenen Text vorkommt. Um dieses Ziel zu erreichen, werden wir in diesem Kapitel verschiedene Ähnlichkeitsmaße für Strings definieren, und Algorithmen zum Vergleich von Strings vorstellen. Die Idee dieser so genannten Alignment-Verfahren besteht darin, die Strings durch Einfügen von Lücken so gegeneinander auszurichten, dass möglichst viele Positionen übereinstimmen.