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Elektrophoretische Mobilitätsverschiebungs-Assay

  • R. WestermeierEmail author
Chapter
Part of the Springer Reference Medizin book series (SRM)

Synonym(e)

 Band-shift-assay;  EMSA

Englischer Begriff

electrophoretic mobility shift assay

Definition

Methode zum Nachweis von Protein-Nukleinsäuren-Interaktionen.

Physikalisch-chemisches Prinzip

Proteine werden mit einem DNA- oder RNA-Fragment bekannter Sequenz inkubiert. Bei der Elektrophorese in einem Agarose- oder Polyacrylamidgel werden die Komplexe aus Protein, DNA bzw. RNA nach ihrer Größe aufgetrennt. Dabei ergeben sich im Vergleich zum reinen Protein oder der reinen Nukleinsäure Laufweitenverschiebungen, die abhängig von der Ladung, Konformation und Größe des Protein-Liganden-Komplexes sind. Die Detektion der Nukleinsäuren erfolgt meistens über Vormarkierung der DNA- oder RNA-Moleküle mit Biotinylierung oder Fluoreszenz. Die Proteine werden meistens mit Silberfärbung visualisiert.

Einsatzgebiete

Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen oder Protein-RNA-Interaktionen. Aufklärung der Mechanismen der Genregulation.

Untersuchungsmaterial

Biologische Flüssigkeiten, Gewebeextrakte, Zelllysate.

Instrumentalisierung

Ausrüstung für Agarose- oder Polyacrylamidgel-Elektrophorese bestehend aus Horizontal- oder Minivertikalkammer, Stromversorger, Umlaufthermostat.

Spezifizität

Hoch bei bekannter Sequenz der Nukleinsäure.

Sensitivität

Bei Silberfärbung im oberen Picogrammbereich.

Fehlermöglichkeit

Bei der Herstellung von Gelen und Puffern im Labor können sich viele Fehler ergeben durch falsches Einwiegen, Verwechslung von Puffermaterialien, Ungeschicktheiten beim Gelgießen. Die Fehlermöglichkeiten lassen sich durch die Verwendung von Fertiggelen deutlich herabsetzen.

Praktikabilität – Automatisierung – Kosten

Eine relativ unkomplizierte Anwendung. Die Methode wird durch die Verwendung von Fertiggelen und -puffern erheblich vereinfacht, dabei steigen allerdings die Kosten für die Verbrauchsmittel.

Bewertung – Methodenhierarchie (allg.)

Elektrophoretisches Mobilitätsverschiebungs-Assay ist eine Methode für molekularbiologisch arbeitende Labors.

Literatur

  1. Garner MM, Revzin A (1981) A gel electrophoresis method for quantifying the binding of proteins to specific DNA regions: application to components of the Escherichia coli lactose operon regulatory system. Nucleic Acids Res 9:3047–3060CrossRefPubMedPubMedCentralGoogle Scholar

Copyright information

© Springer-Verlag GmbH Deutschland, ein Teil von Springer Nature 2019

Authors and Affiliations

  1. 1.FreisingDeutschland

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