Zusammenfassung
In der biomedizinischen Forschung werden besonders in den letzten Jahren vermehrt enorme Mengen an neuen Daten produziert und diese in Folge verstärkt per Internet veröffentlicht. Viele Experten sehen in dieser Vorgehensweise die Chance zur Entdeckung bisher unbekannter biomedizinischer Erkenntnisse. Um dies jedoch zu ermöglichen, müssen neue Wege gefunden werden, die gewonnenen Daten effizient zu verarbeiten und zu verwalten. In dem vorliegenden Artikel werden die Möglichkeiten betrachtet, die das Semantic Web hierzu anbieten kann. Hierfür werden die relevanten Technologien des Semantic Web im speziellen Kontext der biomedizinischen Forschung betrachtet. Ein Fokus liegt auf der Anwendung von Ontologien in der Biomedizin: Es wird auf deren Vorteile eingegangen, aber auch auf möglichen Probleme, die deren Einsatz in einem erweiterten wissenschaftlichen Umfeld mit sich bringen können.
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References
Allen Institute for Brain Science (2007) Allen Brain Atlas: [http://www.brain-map.org]
Berners-Lee T, Hendler J, Lassila O. (2001) The Semantic Web. Scientific American (284), p 34–43
BioPAX – Biological Pathways Exchange (2005) [http://www.biopax.org]
Bizer, C (2007) The D2RQ Plattform – Treating Non-RDF Databases as Virtual RDF Graphs [http://sites.wiwiss.fu-berlin.de/suhl/bizer/D2RQ/]
Gene Ontology Consortium (2007) The Gene Ontology Project in 2008. Nucleic Acids Res. (36) pp. 440–4
Good BM, Wilkinson MD (2006) The Life Sciences Semantic Web is full of creeps! Briefings in bioinformatics 2006, 7:275–286.
Gruber TR (1993) A Translation Approach to Portable Ontology Specifications. Academic Press, New York.
Knublauch H, Dameron O, Musen M. (2004) Weaving the Biomedical Semantic Web with the Protege OWL Plug-in. In: Proceedings of the Workshop on Formal Biomedical Knowledge Representation (KR-MED)’, Whistler
Lambrix P, Tan H, Jakoniene V, Strömbäck L (2007) Biological Ontologies. In: Cheung K (eds) Semantic Web: Revolutionizing Knowledge Discovery in the Life Sciences, pp. 85–99, Springer, 2007. ISBN-10: 0-387-48436-1, ISBN-13: 978-0-387-48436-5.
Manola F, Miller E (2004) RDF Primer [http://www.w3.org/TR/rdf-primer/]
National Center for Biotechnology Information (2007) Entrez Gene [www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene]
National Library of Medicine (2007) PubMed [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/]
Prud’hommeaux E und Seaborne A. (2008) SPARQL Query Language for RDF [http://www.w3.org/TR/rdf-sparql-query/]
RSC Publishing (2007) Project Prospect [www.rsc.org/Publishing/Journals/ProjectProspect]
Rubin DL, Lewis SE, Mungall CJ, Misra S, Westerfield M, Ashburner M, Sim I, Chute CG, Solbrig H, Storey MA, Smith B, Day-Richter J, Noy NF, Musen MA. (2006) National Center for Biomedical Ontology: Advancing Biomedicine through Structured Organization of Scientific Knowledge. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 10(2), pp. 185–198
Ruttenberg A, Clark T, Bug W, Samwald M, Bodenreider O, Chen H, Doherty D, Forsberg K, Gao Y, Kashyap V, Kinoshita J, Luciano J, Scott Marshall M, Ogbuji C, Rees J, Stephens S, Wong GT, Wu E, Zaccagnini D, Hongsermeier T, Neumann E, Herman I, Cheu. (2007) Advancing Translational Research with the Semantic Web. BMC Bioinformatics 8
Sahoo SS, Zeng K, Bodenreider O, Sheth AP. (2007) From „Glycosyltransferase“ to „Congenital Muscular Dystrophy“: Integrating Knowledge from NCBI Entrez Gene and the Gene Ontology. Proceedings of the 12nd World Congress on Health (Medical) Informatics (Medinfo 2007), Brisbane
Shadbolt N, Berners-Lee T, Hall W. (2006) The Semantic Web Revisited. IEEE Intelligent Systems, 21 (3) pp. 96–101
Sioutos N, de Coronado S, Haber MW, Hartel FW, Shaiu WL, Wright LW (2007) NCI Thesaurus: a semantic model integrating cancer-related clinical and molecular information. Journal of biomedical informatics, 40:30–43.
Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard C, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, The OBI Consortium, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (2007). The OBO Foundry: Coordinated Evolution of Ontologies to Support Biomedical Data Integration. Nature Biotechnology (25), pp. 1251–5
Smith M, Welty C, McGuiness D (Eds): OWL Web Ontology Language, 2004 [http://www.w3.org/TR/owl-guide/]
Stenzhorn H, Srinivas K, Samwald M, Ruttenberg A. (2008) Simplifying Access to Large-Scale Health Care and Life Sciences Datasets.(Demo Description) Proceedings of the 5th European Semantic Web Conference (ESWC 2008), Teneriffa
Transinsight (2008) GoPubMed [http://www.gopubmed.com]
W3C HCLS (2001) Semantic Web Health Care and Life Sciences Interest Group [http://www.w3.org/2001/sw/hcls/]
Wu CH, Apweiler R, Bairoch A, Natale DA, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, et al.:The Universal Protein Resource (UniProt): an expanding universe of protein information. Nucleic acids research 2006, 34:D187–191.
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Stenzhorn, H., Samwald, M. (2009). Das Semantic Web als Werkzeug in der biomedizinischen Forschung. In: Blumauer, A., Pellegrini, T. (eds) Social Semantic Web. X.media.press. Springer, Berlin, Heidelberg. https://doi.org/10.1007/978-3-540-72216-8_21
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