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Generalisierte Markov-Modellierung

Modellierung irreversibler β-Amyloid-Peptid-Dynamik unter Mikrowelleneinfluss

  • Bernhard Reuter
Book
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Table of contents

  1. Front Matter
    Pages I-VIII
  2. Bernhard Reuter
    Pages 1-13
  3. Bernhard Reuter
    Pages 15-31
  4. Bernhard Reuter
    Pages 33-73
  5. Bernhard Reuter
    Pages 151-154
  6. Back Matter
    Pages 155-172

About this book

Introduction

Markov State Models (MSM) sind der Goldstandard zur Modellierung biomolekularer Dynamik, da sie die Identifizierung und Analyse metastabiler Zustände ermöglichen. Die robuste Perron-Cluster-Cluster-Analyse (PCCA+) ist ein verbreiteter Spectral-Clustering-Algorithmus, der für das Clustering hochdimensionaler MSM verwendet wird. Da die PCCA+ auf reversible Prozesse beschränkt ist, wird sie zur Generalisierten PCCA+ (G-PCCA) verallgemeinert, die geeignet ist, nichtreversible Prozesse aufzuklären. Bernhard Reuter untersucht hier mittels G-PCCA die nichtthermischen Auswirkungen von Mikrowellen auf die Proteindynamik. Dazu führt er molekulardynamische Nichtgleichgewichtssimulationen des Amyloid-β-(1–40)-Peptids durch und modelliert diese.

Der Inhalt
  • Zur Notwendigkeit einer Generalisierung der Markov-Modellierung
  • Anwendung: Modellierung der Aβ40-Konformationsdynamik
  • Mikrowelleneinfluss auf die Proteinkonformationsdynamik
Die Zielgruppen
  • Dozierende und Studierende der Fachgebiete Biophysik und -informatik, Theoretische Chemie, Computerchemie sowie Mathematik
  • Praktisch Tätige in der Forschung und Entwicklung in diesen Fachgebieten
Der Autor
Bernhard Reuter forscht in der Gruppe Methoden der Medizininformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Gruppe Computational Molecular Design am Zuse Institut Berlin. Ein Schwerpunkt seiner Forschung ist die Simulation und Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtssysteme. Er entwickelt u.a. datenbasierte Methoden zur Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtsprozesse.

Keywords

Markov-Modellierung Markov State Models MSM Nichtreversible Prozesse Molekular-Dynamik MD Nichtautonome Systeme Proteindynamik Nichtgleichgewichtssysteme Amyloid-β-(1-40)-Konformationsdynamik Mikrowelleneinfluss biomolekulare Dynamik Perron-Cluster-Cluster-Analyse PCCA+ Generalisierte-Perron-Cluster-Cluster-Analyse G-PCCA

Authors and affiliations

  • Bernhard Reuter
    • 1
  1. 1.Numerical MathematicsZuse Institute BerlinBerlinGermany

Bibliographic information