Skip to main content

Advertisement

Log in

Small RNAs and cancerogenesis

  • Review
  • Published:
Biochemistry (Moscow) Aims and scope Submit manuscript

Abstract

Disturbances of microRNA generation and functioning as inhibitors of gene expression at the translational level are considered as specific and diagnostic features of cancer. This review also highlights the role of short interfering RNA (siRNA) in modified epigenomic chromatin structure, which may cause cancer transformation. Future directions of cancer epigenomics are considered in the light of the involvement of siRNA in epigenomic modification of chromatin.

This is a preview of subscription content, log in via an institution to check access.

Access this article

Price excludes VAT (USA)
Tax calculation will be finalised during checkout.

Instant access to the full article PDF.

Similar content being viewed by others

References

  1. Bernstein, E., and Allis, C. D. (2005) Genes Dev., 19, 1635–1655.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  2. Cerutti, H., and Casas-Mollano, J. A. (2006) Curr. Genet., 50, 81–99.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  3. Sontheimer, E. J. (2005) Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 6, 127–138.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  4. Calin, G. A., and Croce, C. M. (2006) Nat. Rev. Cancer, 6, 857–866.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  5. Calin, G. A., and Croce, C. M. (2006) Oncogene, 25, 6202–6210.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  6. Esquela-Kerscher, A., and Slack, F. J. (2006) Nat. Rev. Cancer, 6, 259–269.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  7. Allis, C. D., Junewein, T., Reinberg, D., and Capparos, M. L. (eds.) (2006) Epigenetics, CSHL Press, N. Y.

    Google Scholar 

  8. Bird, A. (2007) Nature, 447, 396–398.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  9. Klenov, M. S., and Gvozdev, V. A. (2005) Biochemistry (Moscow), 70, 1187–1198.

    CAS  Google Scholar 

  10. Mello, C. C., and Conte, D., Jr. (2004) Nature, 431, 338–342.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  11. Bartel, D. P. (2004) Cell, 116, 281–297.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  12. Kotel’nikov, R. N., Shpiz, S. G., Kalmykova, A. I., and Gvozdev, V. A. (2006) Mol. Biol. (Moscow), 40, 1–14.

    Google Scholar 

  13. Zeng, Y. (2006) Oncogene, 25, 6156–6162.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  14. Kim, V. N. (2005) Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 6, 376–385.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  15. Bellare, P., and Sontheimer, E. J. (2007) Nat. Struct. Mol. Biol., 14, 684–686.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  16. Willingham, A. T., and Gingeras, T. R. (2006) Cell, 125, 1215–1220.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  17. Hartig, J. V., Tomari, Y., and Forstemann, K. (2007) Genes Dev., 21, 1707–1713.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  18. Bao, N., Lye, K. W., and Barton, M. K. (2004) Dev. Cell, 7, 653–662.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  19. Lewis, B. P., Burge, C. B., and Bartel, D. P. (2005) Cell, 120, 15–20.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  20. Eulalio, A., Huntzinger, E., and Izaurralde, E. (2008) Cell, 132, 9–14.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  21. Chendrimada, T. P., Finn, K. J., Ji, X., Baillat, D., Gregory, R. I., Liebhaber, S. A., Pasquinelli, A. E., and Shiekhattar, R. (2007) Nature, 447, 823–828.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  22. Pillai, R. S., Bhattacharyya, S. N., Artus, C. G., Zoller, T., Cougot, N., Basyuk, E., Bertrand, E., and Filipowicz, W. (2005) Science, 309, 1573–1576.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  23. Thermann, R., and Hentze, M. W. (2007) Nature, 447, 875–878.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  24. Wakiyama, M., Takimoto, K., Ohara, O., and Yokoyama, S. (2007) Genes Dev., 21, 1857–1862.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  25. Wang, B., Love, T. M., Call, M. E., Doench, J. G., and Novina, C. D. (2006) Mol. Cell, 22, 553–560.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  26. Nottrott, S., Simard, M. J., and Richter, J. D. (2006) Nat. Struct. Mol. Biol., 13, 1108–1114.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  27. Olsen, P. H., and Ambros, V. (1999) Dev. Biol., 216, 671–680.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  28. Petersen, C. P., Bordeleau, M. E., Pelletier, J., and Sharp, P. A. (2006) Mol. Cell, 21, 533–542.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  29. Seggerson, K., Tang, L., and Moss, E. G. (2002) Dev. Biol., 243, 215–225.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  30. Kiriakidou, M., Tan, G. S., Lamprinaki, S., de Planell-Saguer, M., Nelson, P. T., and Mourelatos, Z. (2007) Cell, 129, 1141–1151.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  31. Sheth, U., and Parker, R. (2003) Science, 300, 805–808.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  32. Rehwinkel, J., Behm-Ansmant, I., Gatfield, D., and Izaurralde, E. (2005) RNA, 11, 1640–1647.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  33. Meister, G., Landthaler, M., Peters, L., Chen, P. Y., Urlaub, H., Luhrmann, R., and Tuschl, T. (2005) Curr. Biol., 15, 2149–2155.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  34. Liu, J., Rivas, F. V., Wohlschlegel, J., Yates, J. R., III, Parker, R., and Hannon, G. J. (2005) Nat. Cell Biol., 7, 1261–1266.

    PubMed  Google Scholar 

  35. Liu, J., Valencia-Sanchez, M. A., Hannon, G. J., and Parker, R. (2005) Nat. Cell Biol., 7, 719–723.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  36. Ding, L., Spencer, A., Morita, K., and Han, M. (2005) Mol. Cell, 19, 437–447.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  37. Parker, R., and Sheth, U. (2007) Mol. Cell, 25, 635–646.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  38. Chan, S. P., and Slack, F. J. (2006) RNA Biol., 3, 97–100.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  39. Standart, N., and Jackson, R. J. (2007) Genes Dev., 21, 1975–1982.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  40. Chen, C. Z., Li, L., Lodish, H. F., and Bartel, D. P. (2004) Science, 303, 83–86.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  41. Neilson, J. R., Zheng, G. X., Burge, C. B., and Sharp, P. A. (2007) Genes Dev., 21, 578–589.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  42. Zhao, Y., Ransom, J. F., Li, A., von Vedantham, V. D. M., Muth, A. N., Tsuchihashi, T., McManus, M. T., Schwartz, R. J., and Srivastava, D. (2007) Cell, 129, 303–317.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  43. Lim, L. P., Lau, N. C., Garrett-Engele, P., Grimson, A., Schelter, J. M., Castle, J., Bartel, D. P., Linsley, P. S., and Johnson, J. M. (2005) Nature, 433, 769–773.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  44. Karp, X., and Ambros, V. (2005) Science, 310, 1288–1289.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  45. Xu, P., Vernooy, S. Y., Guo, M., and Hay, B. A. (2003) Curr. Biol., 13, 790–795.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  46. Xu, P., Guo, M., and Hay, B. A. (2004) Trends Genet., 20, 617–624.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  47. Cheng, A. M., Byrom, M. W., Shelton, J., and Ford, L. (2005) Nucleic Acids Res., 33, 1290–1297.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  48. Hatfield, S. D., Shcherbata, H. R., Fischer, K. A., Nakahara, K., Carthew, R. W., and Ruohola-Baker, H. (2005) Nature, 435, 974–978.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  49. Linsley, P. S., Schelter, J., Burchard, J., Kibukawa, M., Martin, M. M., Bartz, S. R., Johnson, J. M., Cummins, J. M., Raymond, C. K., Dai, H., Chau, N., Cleary, M., Jackson, A. L., Carleton, M., and Lim, L. (2007) Mol. Cell Biol., 27, 2240–2252.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  50. Ma, L., Teruya-Feldstein, J., and Weinberg, R. A. (2007) Nature, 449, 682–688.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  51. Calin, G. A., Sevignani, C., Dumitru, C. D., Hyslop, T., Noch, E., Yendamuri, S., Shimizu, M., Rattan, S., Bullrich, F., Negrini, M., and Croce, C. M. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 2999–3004.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  52. Calin, G. A., Liu, C. G., Sevignani, C., Ferracin, M., Felli, N., Dumitru, C. D., Shimizu, M., Cimmino, A., Zupo, S., Dono, M., Dell’Aquila, M. L., Alder, H., Rassenti, L., Kipps, T. J., Bullrich, F., Negrini, M., and Croce, C. M. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 11755–11760.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  53. Zhang, L., Huang, J., Yang, N., Greshock, J., Megraw, M. S., Giannakakis, A., Liang, S., Naylor, T. L., Barchetti, A., Ward, M. R., Yao, G., Medina, A., O’Brien-Jenkins, A., Katsaros, D., Hatzigeorgiou, A., Gimotty, P. A., Weber, B. L., and Coukos, G. (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103, 9136–9141.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  54. Ambros, V., Bartel, B., Bartel, D. P., Burge, C. B., Carrington, J. C., Chen, X., Dreyfuss, G., Eddy, S. R., Griffiths-Jones, S., Marshall, M., Matzke, M., Ruvkun, G., and Tuschl, T. (2003) RNA, 9, 277–279.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  55. Cimmino, A., Calin, G. A., Fabbri, M., Iorio, M. V., Ferracin, M., Shimizu, M., Wojcik, S. E., Aqeilan, R. I., Zupo, S., Dono, M., Rassenti, L., Alder, H., Volinia, S., Liu, C. G., Kipps, T. J., Negrini, M., and Croce, C. M. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 13944–13949.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  56. Calin, G. A., Dumitru, C. D., Shimizu, M., Bichi, R., Zupo, S., Noch, E., Aldler, H., Rattan, S., Keating, M., Rai, K., Rassenti, L., Kipps, T., Negrini, M., Bullrich, F., and Croce, C. M. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 15524–15529.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  57. Sanchez-Beato, M., Sanchez-Aguilera, A., and Piris, M. A. (2003) Blood, 101, 1220–1235.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  58. Johnson, S. M., Grosshans, H., Shingara, J., Byrom, M., Jarvis, R., Cheng, A., Labourier, E., Reinert, K. L., Brown, D., and Slack, F. J. (2005) Cell, 120, 635–647.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  59. Takamizawa, J., Konishi, H., Yanagisawa, K., Tomida, S., Osada, H., Endoh, H., Harano, T., Yatabe, Y., Nagino, M., Nimura, Y., Mitsudomi, T., and Takahashi, T. (2004) Cancer Res., 64, 3753–3756.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  60. Reinhart, B. J., Slack, F. J., Basson, M., Pasquinelli, A. E., Bettinger, J. C., Rougvie, A. E., Horvitz, H. R., and Ruvkun, G. (2000) Nature, 403, 901–906.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  61. Grosshans, H., Johnson, T., Reinert, K. L., Gerstein, M., and Slack, F. J. (2005) Dev. Cell, 8, 321–330.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  62. Goodwin, G. (1998) Int. J. Biochem. Cell Biol., 30, 761–766.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  63. Young, A. R., and Narita, M. (2007) Genes Dev., 21, 1005–1009.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  64. Bommer, G. T., Gerin, I., Feng, Y., Kaczorowski, A. J., Kuick, R., Love, R. E., Zhai, Y., Giordano, T. J., Qin, Z. S., Moore, B. B., Macdougald, O. A., Cho, K. R., and Fearon, E. R. (2007) Curr. Biol., 17, 1298–1307.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  65. Chang, T. C., Wentzel, E. A., Kent, O. A., Ramachandran, K., Mullendore, M., Lee, K. H., Feldmann, G., Yamakuchi, M., Ferlito, M., Lowenstein, C. J., Arking, D. E., Beer, M. A., Maitra, A., and Mendell, J. T. (2007) Mol. Cell, 26, 745–752.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  66. He, L., He, X., Lim, L. P., De, S. E., Xuan, Z., Liang, Y., Xue, W., Zender, L., Magnus, J., Ridzon, D., Jackson, A. L., Linsley, P. S., Chen, C., Lowe, S. W., Cleary, M. A., and Hannon, G. J. (2007) Nature, 447, 1130–1134.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  67. Raver-Shapira, N., Marciano, E., Meiri, E., Spector, Y., Rosenfeld, N., Moskovits, N., Bentwich, Z., and Oren, M. (2007) Mol. Cell, 26, 731–743.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  68. Tarasov, V., Jung, P., Verdoodt, B., Lodygin, D., Epanchintsev, A., Menssen, A., Meister, G., and Hermeking, H. (2007) Cell Cycle, 6, 1586–1593.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  69. Raver-Shapira, N., and Oren, M. (2007) Cell Cycle, 6, 2656–2661.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  70. Welch, C., Chen, Y., and Stallings, R. L. (2007) Oncogene, 26, 5017–5022.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  71. O’Connell, R. M., Taganov, K. D., Boldin, M. P., Cheng, G., and Baltimore, D. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 1604–1609.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  72. Rodriguez, A., Vigorito, E., Clare, S., Warren, M. V., Couttet, P., van Soond, D. R. D. S., Grocock, R. J., Das, P. P., Miska, E. A., Vetrie, D., Okkenhaug, K., Enright, A. J., Dougan, G., Turner, M., and Bradley, A. (2007) Science, 316, 608–611.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  73. Thai, T. H., Calado, D. P., Casola, S., Ansel, K. M., Xiao, C., Xue, Y., Murphy, A., Frendewey, D., Valenzuela, D., Kutok, J. L., Schmidt-Supprian, M., Rajewsky, N., Yancopoulos, G., Rao, A., and Rajewsky, K. (2007) Science, 316, 604–608.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  74. Kluiver, J., de Haralambieva, E. J. D., Blokzijl, T., Jacobs, S., Kroesen, B. J., Poppema, S., and van den Berg, A. (2006) Genes Chromosomes. Cancer, 45, 147–153.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  75. Kluiver, J., de Poppema, S. J. D., Blokzijl, T., Harms, G., Jacobs, S., Kroesen, B. J., and van den Berg, A. (2005) J. Pathol., 207, 243–249.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  76. Eis, P. S., Tam, W., Sun, L., Chadburn, A., Li, Z., Gomez, M. F., Lund, E., and Dahlberg, J. E. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 3627–3632.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  77. Metzler, M., Wilda, M., Busch, K., Viehmann, S., and Borkhardt, A. (2004) Genes Chromosomes. Cancer, 39, 167–169.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  78. Yanaihara, N., Caplen, N., Bowman, E., Seike, M., Kumamoto, K., Yi, M., Stephens, R. M., Okamoto, A., Yokota, J., Tanaka, T., Calin, G. A., Liu, C. G., Croce, C. M., and Harris, C. C. (2006) Cancer Cell, 9, 189–198.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  79. Gironella, M., Seux, M., Xie, M. J., Cano, C., Tomasini, R., Gommeaux, J., Garcia, S., Nowak, J., Yeung, M. L., Jeang, K. T., Chaix, A., Fazli, L., Motoo, Y., Wang, Q., Rocchi, P., Russo, A., Gleave, M., Dagorn, J. C., Iovanna, J. L., Carrier, A., Pebusque, M. J., and Dusetti, N. J. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 16170–16175.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  80. Fulci, V., Chiaretti, S., Goldoni, M., Azzalin, G., Carucci, N., Tavolaro, S., Castellano, L., Magrelli, A., Citarella, F., Messina, M., Maggio, R., Peragine, N., Santangelo, S., Mauro, F. R., Landgraf, P., Tuschl, T., Weir, D. B., Chien, M., Russo, J. J., Ju, J., Sheridan, R., Sander, C., Zavolan, M., Guarini, A., Foa, R., and Macino, G. (2007) Blood, 109, 4944–4951.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  81. Costinean, S., Zanesi, N., Pekarsky, Y., Tili, E., Volinia, S., Heerema, N., and Croce, C. M. (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103, 7024–7029.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  82. Voorhoeve, P. M., Le, S. C., Schrier, M., Gillis, A. J., Stoop, H., Nagel, R., Van, D. J., Liu, Y. P., Drost, J., Griekspoor, A., Zlotorynski, E., Yabuta, N., De, V. G., Nojima, H., Looijenga, L. H., and Agami, R. (2006) Cell, 124, 1169–1181.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  83. Aylon, Y., Michael, D., Shmueli, A., Yabuta, N., Nojima, H., and Oren, M. (2006) Genes Dev., 20, 2687–2700.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  84. Ota, A., Tagawa, H., Karnan, S., Tsuzuki, S., Karpas, A., Kira, S., Yoshida, Y., and Seto, M. (2004) Cancer Res., 64, 3087–3095.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  85. He, L., Thomson, J. M., Hemann, M. T., Hernando-Monge, E., Mu, D., Goodson, S., Powers, S., Cordon-Cardo, C., Lowe, S. W., Hannon, G. J., and Hammond, S. M. (2005) Nature, 435, 828–833.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  86. Hayashita, Y., Osada, H., Tatematsu, Y., Yamada, H., Yanagisawa, K., Tomida, S., Yatabe, Y., Kawahara, K., Sekido, Y., and Takahashi, T. (2005) Cancer Res., 65, 9628–9632.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  87. Lewis, B. P., Shih, I. H., Jones-Rhoades, M. W., Bartel, D. P., and Burge, C. B. (2003) Cell, 115, 787–798.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  88. Lu, Y., Thomson, J. M., Wong, H. Y., Hammond, S. M., and Hogan, B. L. (2007) Dev. Biol., 310, 442–453.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  89. O’Donnell, K. A., Wentzel, E. A., Zeller, K. I., Dang, C. V., and Mendell, J. T. (2005) Nature, 435, 839–843.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  90. Trimarchi, J. M., and Lees, J. A. (2002) Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 3, 11–20.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  91. Volinia, S., Calin, G. A., Liu, C. G., Ambs, S., Cimmino, A., Petrocca, F., Visone, R., Iorio, M., Roldo, C., Ferracin, M., Prueitt, R. L., Yanaihara, N., Lanza, G., Scarpa, A., Vecchione, A., Negrini, M., Harris, C. C., and Croce, C. M. (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103, 2257–2261.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  92. Meng, F., Henson, R., Wehbe-Janek, H., Ghoshal, K., Jacob, S. T., and Patel, T. (2007) Gastroenterology, 133, 647–658.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  93. Chan, J. A., Krichevsky, A. M., and Kosik, K. S. (2005) Cancer Res., 65, 6029–6033.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  94. Enright, A. J., John, B., Gaul, U., Tuschl, T., Sander, C., and Marks, D. S. (2003) Genome Biol., 5, R1.

    PubMed  Google Scholar 

  95. Kumar, M. S., Lu, J., Mercer, K. L., Golub, T. R., and Jacks, T. (2007) Nat. Genet., 39, 673–677.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  96. Iorio, M. V., Ferracin, M., Liu, C. G., Veronese, A., Spizzo, R., Sabbioni, S., Magri, E., Pedriali, M., Fabbri, M., Campiglio, M., Menard, S., Palazzo, J. P., Rosenberg, A., Musiani, P., Volinia, S., Nenci, I., Calin, G. A., Querzoli, P., Negrini, M., and Croce, C. M. (2005) Cancer Res., 65, 7065–7070.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  97. Michael, M. Z., O’ Connor, S. M., van Holst Pellekaan, N. G., Young, G. P., and James, R. J. (2003) Mol. Cancer Res., 1, 882–891.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  98. Hornstein, E., and Shomron, N. (2006) Nat. Genet., 38(Suppl.), S20–S24.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  99. Cohen, S. M., Brennecke, J., and Stark, A. (2006) Genes Dev., 20, 2769–2772.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  100. Cullen, B. R. (2006) Nat. Genet., 38(Suppl.), S25–S30.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  101. Pfeffer, S., and Voinnet, O. (2006) Oncogene, 25, 6211–6219.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  102. Skalsky, R. L., Samols, M. A., Plaisance, K. B., Boss, I. W., Riva, A., Lopez, M. C., Baker, H. V., and Renne, R. (2007) J. Virol., 81, 12836–12845.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  103. Yeung, M. L., Bennasser, Y., Myers, T. G., Jiang, G., Benkirane, M., and Jeang, K. T. (2005) Retrovirology, 2, 81.

    PubMed  Google Scholar 

  104. Lu, J., Getz, G., Miska, E. A., Varez-Saavedra, E., Lamb, J., Peck, D., Sweet-Cordero, A., Ebert, B. L., Mak, R. H., Ferrando, A. A., Downing, J. R., Jacks, T., Horvitz, H. R., and Golub, T. R. (2005) Nature, 435, 834–838.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  105. Blenkiron, C., Goldstein, L. D., Thorne, N. P., Spiteri, I., Chin, S. F., Dunning, M. J., Barbosa-Morais, N. L., Teschendorff, A. E., Green, A. R., Ellis, I. O., Tavare, S., Caldas, C., and Miska, E. A. (2007) Genome Biol., 8, R214.

    PubMed  Google Scholar 

  106. Calin, G. A., Ferracin, M., Cimmino, A., Di, L. G., Shimizu, M., Wojcik, S. E., Iorio, M. V., Visone, R., Sever, N. I., Fabbri, M., Iuliano, R., Palumbo, T., Pichiorri, F., Roldo, C., Garzon, R., Sevignani, C., Rassenti, L., Alder, H., Volinia, S., Liu, C. G., Kipps, T. J., Negrini, M., and Croce, C. M. (2005) N. Engl. J. Med., 353, 1793–1801.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  107. Ting, A. H., McGarvey, K. M., and Baylin, S. B. (2006) Genes Dev., 20, 3215–3231.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  108. Bernstein, B. E., Meissner, A., and Lander, E. S. (2007) Cell, 128, 669–681.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  109. Jones, P. A., and Baylin, S. B. (2007) Cell, 128, 683–692.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  110. Lund, A. H., and van Lohuizen, M. (2004) Genes Dev., 18, 2315–2335.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  111. Feinberg, A. P., Ohlsson, R., and Henikoff, S. (2006) Nat. Rev. Genet., 7, 21–33.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  112. Hark, A. T., Schoenherr, C. J., Katz, D. J., Ingram, R. S., Levorse, J. M., and Tilghman, S. M. (2000) Nature, 405, 486–489.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  113. Bird, A. (2002) Genes Dev., 16, 6–21.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  114. Saha, A., Wittmeyer, J., and Cairns, B. R. (2006) Results Probl. Cell Differ., 41, 127–148.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  115. Cairns, B. R. (2007) Nat. Struct. Mol. Biol., 14, 989–996.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  116. Smith, C. L., and Peterson, C. L. (2005) Curr. Top. Dev. Biol., 65, 115–148.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  117. Jaenisch, R., and Bird, A. (2003) Nat. Genet., 33(Suppl.), 245–254.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  118. Rougier, N., Bourc’his, D., Gomes, D. M., Niveleau, A., Plachot, M., Paldi, A., and Viegas-Pequignot, E. (1998) Genes Dev., 12, 2108–2113.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  119. Keshet, I., Schlesinger, Y., Farkash, S., Rand, E., Hecht, M., Segal, E., Pikarski, E., Young, R. A., Niveleau, A., Cedar, H., and Simon, I. (2006) Nat. Genet., 38, 149–153.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  120. Esteller, M. (2007) Nat. Rev. Genet., 8, 286–298.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  121. Rideout, W. M., III, Coetzee, G. A., Olumi, A. F., and Jones, P. A. (1990) Science, 249, 1288–1290.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  122. Lujambio, A., Ropero, S., Ballestar, E., Fraga, M. F., Cerrato, C., Setien, F., Casado, S., Suarez-Gauthier, A., Sanchez-Cespedes, M., Git, A., Spiteri, I., Das, P. P., Caldas, C., Miska, E., and Esteller, M. (2007) Cancer Res., 67, 1424–1429.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  123. Saito, Y., Liang, G., Egger, G., Friedman, J. M., Chuang, J. C., Coetzee, G. A., and Jones, P. A. (2006) Cancer Cell, 9, 435–443.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  124. Frigola, J., Song, J., Stirzaker, C., Hinshelwood, R. A., Peinado, M. A., and Clark, S. J. (2006) Nat. Genet., 38, 540–549.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  125. Feinberg, A. P., and Vogelstein, B. (1983) Nature, 301, 89–92.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  126. Hoffmann, M. J., and Schulz, W. A. (2005) Biochem. Cell Biol., 83, 296–321.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  127. Cadieux, B., Ching, T. T., van den Berg, S. R., and Costello, J. F. (2006) Cancer Res., 66, 8469–8476.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  128. Eden, A., Gaudet, F., Waghmare, A., and Jaenisch, R. (2003) Science, 300, 455.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  129. Dodge, J. E., Okano, M., Dick, F., Tsujimoto, N., Chen, T., Wang, S., Ueda, Y., Dyson, N., and Li, E. (2005) J. Biol. Chem., 280, 17986–17991.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  130. Nakagawa, T., Kanai, Y., Ushijima, S., Kitamura, T., Kakizoe, T., and Hirohashi, S. (2005) J. Urol., 173, 243–246.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  131. Taverna, S. D., Li, H., Ruthenburg, A. J., Allis, C. D., and Patel, D. J. (2007) Nat. Struct. Mol. Biol., 14, 1025–1040.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  132. Kouzarides, T. (2007) Cell, 128, 693–705.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  133. Moss, T. J., and Wallrath, L. L. (2007) Mutat. Res., 618, 163–174.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  134. Jones, P. L., Veenstra, G. J., Wade, P. A., Vermaak, D., Kass, S. U., Landsberger, N., Strouboulis, J., and Wolffe, A. P. (1998) Nat. Genet., 19, 187–191.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  135. Peters, A. H., O’Carroll, D., Scherthan, H., Mechtler, K., Sauer, S., Schofer, C., Weipoltshammer, K., Pagani, M., Lachner, M., Kohlmaier, A., Opravil, S., Doyle, M., Sibilia, M., and Jenuwein, T. (2001) Cell, 107, 323–337.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  136. Kirschmann, D. A., Lininger, R. A., Gardner, L. M., Seftor, E. A., Odero, V. A., Ainsztein, A. M., Earnshaw, W. C., Wallrath, L. L., and Hendrix, M. J. (2000) Cancer Res., 60, 3359–3363.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  137. Berger, S. L. (2007) Nature, 447, 407–412.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  138. Fraga, M. F., Ballestar, E., Villar-Garea, A., Boix-Chornet, M., Espada, J., Schotta, G., Bonaldi, T., Haydon, C., Ropero, S., Petrie, K., Iyer, N. G., Perez-Rosado, A., Calvo, E., Lopez, J. A., Cano, A., Calasanz, M. J., Colomer, D., Piris, M. A., Ahn, N., Imhof, A., Caldas, C., Jenuwein, T., and Esteller, M. (2005) Nat. Genet., 37, 391–400.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  139. Vire, E., Brenner, C., Deplus, R., Blanchon, L., Fraga, M., Didelot, C., Morey, L., Van, E. A., Bernard, D., Vanderwinden, J. M., Bollen, M., Esteller, M., Di, C. L., de Launoit, Y., and Fuks, F. (2006) Nature, 439, 871–874.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  140. Widschwendter, M., Fiegl, H., Egle, D., Mueller-Holzner, E., Spizzo, G., Marth, C., Weisenberger, D. J., Campan, M., Young, J., Jacobs, I., and Laird, P. W. (2007) Nat. Genet., 39, 157–158.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  141. Yang, P. K., and Kuroda, M. I. (2007) Cell, 128, 777–786.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  142. Barlow, D. P., and Bartolomei, M. S. (2006) in Epigenetics (Allis, C. D., Junewein, T., Reinberg, D., and Capparos, M. L., eds.) CSHL Press, N. Y., pp. 357–375.

    Google Scholar 

  143. Brockdorf, N., and Turner, B. M. (2006) in Epigenetics (Allis, C. D., Junewein, T., Reinberg, D., and Capparos, M. L., eds.) CSHL Press, N. Y., pp. 321–340.

    Google Scholar 

  144. Rinn, J. L., Kertesz, M., Wang, J. K., Squazzo, S. L., Xu, X., Brugmann, S. A., Goodnough, L. H., Helms, J. A., Farnham, P. J., Segal, E., and Chang, H. Y. (2007) Cell, 129, 1311–1323.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  145. Gilfillan, G. D., Dahlsveen, I. K., and Becker, P. B. (2004) FEBS Lett., 567, 8–14.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  146. Wutz, A., Rasmussen, T. P., and Jaenisch, R. (2002) Nat. Genet., 30, 167–174.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  147. Tsang, W. P., Wong, T. W., Cheung, A. H., Co, C. N., and Kwok, T. T. (2007) RNA, 13, 890–898.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  148. Matzke, M. A., and Birchler, J. A. (2005) Nat. Rev. Genet., 6, 24–35.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  149. Wassenegger, M. (2005) Cell, 122, 13–16.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  150. Zaratiegui, M., Irvine, D. V., and Martienssen, R. A. (2007) Cell, 128, 763–776.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  151. Buhler, M., and Moazed, D. (2007) Nat. Struct. Mol. Biol., 14, 1041–1048.

    PubMed  Google Scholar 

  152. Ravasi, T., Suzuki, H., Pang, K. C., Katayama, S., Furuno, M., Okunishi, R., Fukuda, S., Ru, K., Frith, M. C., Gongora, M. M., Grimmond, S. M., Hume, D. A., Hayashizaki, Y., and Mattick, J. S. (2006) Genome Res., 16, 11–19.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  153. Chen, J., Sun, M., Kent, W. J., Huang, X., Xie, H., Wang, W., Zhou, G., Shi, R. Z., and Rowley, J. D. (2004) Nucleic Acids Res., 32, 4812–4820.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  154. Ting, A. H., Schuebel, K. E., Herman, J. G., and Baylin, S. B. (2005) Nat. Genet., 37, 906–910.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  155. Morris, K. V., Chan, S. W., Jacobsen, S. E., and Looney, D. J. (2004) Science, 305, 1289–1292.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  156. Han, J., Kim, D., and Morris, K. V. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 12422–12427.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  157. Weinberg, M. S., Villeneuve, L. M., Ehsani, A., Amarzguioui, M., Aagaard, L., Chen, Z. X., Riggs, A. D., Rossi, J. J., and Morris, K. V. (2006) RNA, 12, 256–262.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  158. Janowski, B. A., Huffman, K. E., Schwartz, J. C., Ram, R., Nordsell, R., Shames, D. S., Minna, J. D., and Corey, D. R. (2006) Nat. Struct. Mol. Biol., 13, 787–792.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  159. Castanotto, D., Tommasi, S., Li, M., Li, H., Yanow, S., Pfeifer, G. P., and Rossi, J. J. (2005) Mol. Ther., 12, 179–183.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  160. Kim, D. H., Villeneuve, L. M., Morris, K. V., and Rossi, J. J. (2006) Nat. Struct. Mol. Biol., 13, 793–797.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  161. Janowski, B. A., Younger, S. T., Hardy, D. B., Ram, R., Huffman, K. E., and Corey, D. R. (2007) Nat. Chem. Biol., 3, 166–173.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  162. Fukagawa, T., Nogami, M., Yoshikawa, M., Ikeno, M., Okazaki, T., Takami, Y., Nakayama, T., and Oshimura, M. (2004) Nat. Cell Biol., 6, 784–791.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  163. Kanellopoulou, C., Muljo, S. A., Kung, A. L., Ganesan, S., Drapkin, R., Jenuwein, T., Livingston, D. M., and Rajewsky, K. (2005) Genes Dev., 19, 489–501.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  164. Hutvagner, G., and Zamore, P. D. (2002) Curr. Opin. Genet. Dev., 12, 225–232.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  165. Deshpande, G., Calhoun, G., and Schedl, P. (2005) Genes Dev., 19, 1680–1685.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  166. Peng, J. C., and Karpen, G. H. (2007) Nat. Cell Biol., 9, 25–35.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  167. Kazazian, H. H., Jr., and Goodier, J. L. (2002) Cell, 110, 277–280.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  168. Brouha, B., Schustak, J., Badge, R. M., Lutz-Prigge, S., Farley, A. H., Moran, J. V., and Kazazian, H. H., Jr. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 100, 5280–5285.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  169. International Human Genome Sequencing Consortium (2001) Nature, 409, 860–921.

    Google Scholar 

  170. Sinibaldi-Vallebona, P., Lavia, P., Garaci, E., and Spadafora, C. (2006) Genes Chromosomes. Cancer, 45, 1–10.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  171. Oricchio, E., Sciamanna, I., Beraldi, R., Tolstonog, G. V., Schumann, G. G., and Spadafora, C. (2007) Oncogene, 26, 4226–4233.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  172. Collier, L. S., and Largaespada, D. A. (2006) Curr. Opin. Genet. Dev., 16, 23–29.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  173. Spadafora, C. (2004) Cytogenet. Genome Res., 105, 346–350.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  174. Sciamanna, I., Landriscina, M., Pittoggi, C., Quirino, M., Mearelli, C., Beraldi, R., Mattei, E., Serafino, A., Cassano, A., Sinibaldi-Vallebona, P., Garaci, E., Barone, C., and Spadafora, C. (2005) Oncogene, 24, 3923–3931.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  175. Chen, J. M., Stenson, P. D., Cooper, D. N., and Ferec, C. (2005) Hum. Genet., 117, 411–427.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  176. Wang, T., Lerer, I., Gueta, Z., Sagi, M., Kadouri, L., Peretz, T., and Abeliovich, D. (2001) Genes Chromosomes. Cancer, 31, 91–95.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  177. Miki, Y., Nishisho, I., Horii, A., Miyoshi, Y., Utsunomiya, J., Kinzler, K. W., Vogelstein, B., and Nakamura, Y. (1992) Cancer Res., 52, 643–645.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  178. Gasior, S. L., Wakeman, T. P., Xu, B., and Deininger, P. L. (2006) J. Mol. Biol., 357, 1383–1393.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  179. Symer, D. E., Connelly, C., Szak, S. T., Caputo, E. M., Cost, G. J., Parmigiani, G., and Boeke, J. D. (2002) Cell, 110, 327–338.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  180. Yang, N., and Kazazian, H. H., Jr. (2006) Nat. Struct. Mol. Biol., 13, 763–771.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  181. Goodier, J. L., Zhang, L., Vetter, M. R., and Kazazian, H. H., Jr. (2007) Mol. Cell Biol., 27, 6469–6483.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  182. Bourc’his, D., and Bestor, T. H. (2004) Nature, 431, 96–99.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  183. Carnell, A. N., and Goodman, J. I. (2003) Toxicol. Sci., 75, 229–235.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  184. Roman-Gomez, J., Jimenez-Velasco, A., Agirre, X., Cervantes, F., Sanchez, J., Garate, L., Barrios, M., Castillejo, J. A., Navarro, G., Colomer, D., Prosper, F., Heiniger, A., and Torres, A. (2005) Oncogene, 24, 7213–7223.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  185. Schulz, W. A. (2006) J. Biomed. Biotechnol., 2006, 83672.

    PubMed  Google Scholar 

  186. Jurgens, B., Schmitz-Drager, B. J., and Schulz, W. A. (1996) Cancer Res., 56, 5698–5703.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  187. Aravin, A. A., Sachidanandam, R., Girard, A., Fejes-Toth, K., and Hannon, G. J. (2007) Science, 316, 744–747.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  188. O’Donnell, K. A., and Boeke, J. D. (2007) Cell, 129, 37–44.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  189. Hartig, J. V., Tomari, Y., and Forstemann, K. (2007) Genes Dev., 21, 1707–1713.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  190. Carmell, M. A., Girard, A., van de Kant, H. J., Bourc’his, D., Bestor, T. H., de Rooij, D. G., and Hannon, G. J. (2007) Dev. Cell, 12, 503–514.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  191. Klenov, M. C., Stolyarenko, A. D., Ryazansky, S. S., Sokolova, O. A., Konstantinov, I. N., and Gvozdev, V. A. (2007) Ontogenez, 38, 1–15.

    Google Scholar 

  192. Klenov, M. S., Lavrov, S. A., Stolyarenko, A. D., Ryazansky, S. S., Aravin, A. A., Tuschl, T., and Gvozdev, V. A. (2007) Nucleic Acids Res., 35, 5430–5438.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  193. Kalmykova, A. I., Nurminsky, D. I., Ryzhov, D. V., and Shevelyov, Y. Y. (2005) Nucleic Acids Res., 33, 1435–1444.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  194. Vagin, V. V., Sigova, A., Li, C., Seitz, H., Gvozdev, V., and Zamore, P. D. (2006) Science, 313, 320–324.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  195. Brennecke, J., Aravin, A. A., Stark, A., Dus, M., Kellis, M., Sachidanandam, R., and Hannon, G. J. (2007) Cell, 128, 1089–1103.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  196. Chalitchagorn, K., Shuangshoti, S., Hourpai, N., Kongruttanachok, N., Tangkijvanich, P., Thong-ngam, D., Voravud, N., Sriuranpong, V., and Mutirangura, A. (2004) Oncogene, 23, 8841–8846.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  197. Grimaud, C., Bantignies, F., Pal-Bhadra, M., Ghana, P., Bhadra, U., and Cavalli, G. (2006) Cell, 124, 957–971.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  198. Schuettengruber, B., Chourrout, D., Vervoort, M., Leblanc, B., and Cavalli, G. (2007) Cell, 128, 735–745.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  199. Hutvagner, G., Simard, M. J., Mello, C. C., and Zamore, P. D. (2004) PLoS Biology, 2, e98.

    PubMed  Google Scholar 

  200. Esau, C., Kang, X., Peralta, E., Hanson, E., Marcusson, E. G., Ravichandran, L. V., Sun, Y., Koo, S., Perera, R. J., Jain, R., Dean, N. M., Freier, S. M., Bennett, C. F., Lollo, B., and Griffey, R. (2004) J. Biol. Chem., 279, 52361–52365.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  201. Lecellier, C. H., Dunoyer, P., Arar, K., Lehmann-Che, J., Eyquem, S., Himber, C., Saib, A., and Voinnet, O. (2005) Science, 308, 557–560.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  202. Jannot, G., and Simard, M. J. (2006) Oncogene, 25, 6197–6201.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  203. Jay, C., Nemunaitis, J., Chen, P., Fulgham, P., and Tong, A. W. (2007) DNA Cell Biol., 26, 293–300.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  204. Yanaihara, N., Caplen, N., Bowman, E., Seike, M., Kumamoto, K., Yi, M., Stephens, R. M., Okamoto, A., Yokota, J., Tanaka, T., Calin, G. A., Liu, C. G., Croce, C. M., and Harris, C. C. (2006) Cancer Cell, 9, 189–198.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  205. O’Rourke, J. R., Swanson, M. S., and Harfe, B. D. (2006) Birth Defects Res. C. Embryo. Today, 78, 172–179.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

  206. Roldo, C., Missiaglia, E., Hagan, J. P., Falconi, M., Capelli, P., Bersani, S., Calin, G. A., Volinia, S., Liu, C. G., Scarpa, A., and Croce, C. M. (2006) J. Clin. Oncol., 24, 4677–4684.

    PubMed  CAS  Google Scholar 

Download references

Author information

Authors and Affiliations

Authors

Corresponding author

Correspondence to V. A. Gvozdev.

Additional information

Original Russian Text © S. S. Ryazansky, V. A. Gvozdev, 2008, published in Biokhimiya, 2008, Vol. 73, No. 5, pp. 640–655.

Rights and permissions

Reprints and permissions

About this article

Cite this article

Ryazansky, S.S., Gvozdev, V.A. Small RNAs and cancerogenesis. Biochemistry Moscow 73, 514–527 (2008). https://doi.org/10.1134/S0006297908050040

Download citation

  • Received:

  • Revised:

  • Published:

  • Issue Date:

  • DOI: https://doi.org/10.1134/S0006297908050040

Key words

Navigation