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Mise en place de la culture in vitro de Mycobacterium ulcerans à partir d’échantillons cliniques versus recherche de BAAR et détection du génome bactérien à Abidjan, Côte d’Ivoire

Implementation of in vitro culture of Mycobacterium ulcerans from clinical samples versus detection of acid-fast bacilli and bacterial genome in Abidjan, Côte d’Ivoire

  • Bactériologie / Bacteriology
  • Published:
Bulletin de la Société de pathologie exotique

Résumé

Les infections dues à Mycobacterium ulcerans constituent un problème de santé publique en Côte d’Ivoire. Le diagnostic étiologique par l’isolement de la bactérie par la culture se heurte à la lenteur et aux difficultés de réalisation de celle-ci. Le but de cette étude a été de mettre en routine la culture in vitro de M. ulcerans à partir d’exsudats et de biopsies cutanées de malades suspectés d’avoir un ulcère de Buruli. Une attention particulière a été portée sur le conditionnement de l’échantillon, depuis le prélèvement jusqu’à son acheminement au laboratoire et l’ensemencement sur milieu Löwenstein-Jensen supplémenté de glycérol. Quel que soit le type d’analyse réalisé, le taux de positivité obtenu à partir des biopsies est supérieur à celui obtenu à partir des exsudats. L’application de trois techniques d’analyse a donné des taux de positivité de 26,7, 57,4 et 17,8 %, respectivement à l’examen microscopique, par nested-PCR (nPCR) IS2404 directement à partir de l’échantillon et par culture. Le taux de contamination global par l’envahissement des trois tubes de culture par les champignons est de 15,8 %, avec respectivement des taux de 14,3 et 19,4 % à partir des exsudats et des biopsies. Tous les échantillons positifs à la coloration de Ziehl-Neelsen et en culture ont été aussi positifs par nPCR. La nPCR a permis la confirmation du diagnostic étiologique de l’agent responsable des ulcérations cutanées. Nos résultats montrent que la culture, malgré la croissance difficile de la bactérie peut être réalisée dans un laboratoire à moyens modestes sous les tropiques. L’approvisionnement en réactifs et consommables constitue l’une des difficultés majeures dans la mise en oeuvre de la culture. Seule sa mise en place permettra la réalisation des tests de sensibilité in vitro et in vivo en vue d’une meilleure prise en charge des malades de l’ulcère de Buruli.

Abstract

Mycobacterium ulcerans infections are a public health problem in Côte d’Ivoire. The etiological diagnosis of this disease made by culture remains a big concern due to the slowness and difficulties encountered. This detection by culture of M. ulcerans represents a big interest as it allows obtaining the circulating strains for research. The purpose of this study was to determine on a routine basis in a poorly equipped laboratory, in vitro culture of M. ulcerans from exudates of skin ulcerations and from biopsy of patients with suspected Buruli ulcer. A particular attention was paid to the conditioning of the sample forwarded to the laboratory and inoculation in Lowenstein-Jensen medium supplemented with glycerol. The results of the three methods for the analysis showed 26.7, 57.4 and 17.8% positive rate respectively in the microscopy examination by nested PCR and by culture. In all the analysis, the positive rate from biopsy is higher than that obtained from exudates. The overall contamination rate by invasion of the three tubes of culture by fungi is 15.8 with 14.3 and 19.4% respectively, from exudates and biopsies. All positive samples in Ziehl-Neelsen staining and in culture were also positive by nested PCR. The nested PCR confirmed the positive strains found in culture, which were responsible for skin ulcerations. After culture, only one strain was nPCR negative. This strain was identified as Mycobacterium Gordonae. Our culture conditions showed that M. ulcerans was not the only strain identified and that other strains were present in the culture. We can conclude that the culture of M. ulcerans, in spite of the growth difficulties of the bacterium can be performed in laboratory in developing countries despite the lack of reagent and consumables. The implementation of this culture is the only way to determine sensitivity tests in vitro and in vivo in order to treat patients with Buruli ulcer.

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Coulibaly, B., Coulibaly-N’Golo, M.D.G., Ekaza, E. et al. Mise en place de la culture in vitro de Mycobacterium ulcerans à partir d’échantillons cliniques versus recherche de BAAR et détection du génome bactérien à Abidjan, Côte d’Ivoire. Bull. Soc. Pathol. Exot. 103, 2–7 (2010). https://doi.org/10.1007/s13149-009-0002-y

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