Tussen 2012–2016 werd het programma Gezonde School (GS) gefinancierd vanuit het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS). In 2012 maakten 496 van de 7.200 instellingen van het primair onderwijs (po) gebruik van een advies-op-maat-traject en een ondersteuningsaanbod. In 2013 en 2014 werden opnieuw ondersteuningsrondes georganiseerd, ook voor het voortgezet onderwijs (vo) en het middelbaar beroepsonderwijs (mbo). Na drie rondes had 21,6% van alle scholen (ongeveer 8.400 po-, vo- en mbo-instellingen) een of meer keren ondersteuning aangevraagd [1]. Eind 2014 werden 124 vignetten Gezonde School uitgereikt, waardoor deze scholen zich Gezonde School mochten noemen [1]. Medio 2016 hadden ruim 750 scholen een vignet aangevraagd en was het aantal bezoekers van de website verviervoudigd naar 1.600 per week [1]. In diezelfde periode lanceerde ook het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap (OCW) enkele beleidsinitiatieven waarbij gezondheidsbevordering een belangrijke rol speelde, zoals de Onderwijsagenda Sport, Bewegen en Gezonde Leefstijl, de Gezonde Schoolpleinen, de Jeugdimpuls en het leerplankader van de Stichting Leerplankader Ontwikkeling.
De resultaten van deze fase van agenderen en stimuleren hebben ertoe geleid dat de ministeries van VWS, OCW, Economische Zaken (EZ) en Sociale Zaken en Werkgelegenheid (SZW) medio 2016 aan de toenmalige stuurgroep Gezonde School hebben gevraagd om tot een nieuw programma GS te komen voor 2017–2020. Dit plan werd geschreven door de PO-Raad, VO-raad en MBO-raad, het RIVM en GGDGHOR-Nederland. Ook landelijke thema-instituten, samenwerkende gezondheidsfondsen (SGF) en andere organisaties die zich richten op een gezonde jeugd zijn indertijd betrokken geweest bij deze planvorming [2]. De missie van het programma GS 2017–2020 was de volgende: ‘Een gezonde leefstijl is opgenomen in het DNA van elke school.’ Sinds 2017 werken de onderwijsraden, GGDGHOR-Nederland en het RIVM samen in één programmaorganisatie met één programmaplan om deze missie te realiseren.
Om de diverse implementatie- en procesdoelen uit het programmaplan te realiseren worden verschillende projecten uitgevoerd: Ondersteuningsaanbod, Deskundigheidsbevordering, Gezonde School-aanpak, Vignet Gezonde School, Communicatie, Samenhang en aansturing, en Monitoring en evaluatie [2]. Deze projecten zijn verdeeld onder de vijf partners. Door middel van regulier overleg worden doelen en uitvoering op elkaar afgestemd. Daarnaast zijn meer dan veertig organisaties uit het onderwijs, overheidsinstellingen en maatschappelijke organisaties werkend op het brede vlak van gezondheidsbevordering aangesloten bij Gezonde School [2].