Abstract
Single cell genomics (SCG) is a is a complementary method to metagenomics for exploring the genomes of uncultivated microorganisms. However, due to the minute amounts of DNA in the individual microbial cell, an amplification step is required before sequencing. Unfortunately, this reaction is notoriously costly and does not amplify all genomic regions equally well, preventing high-throughput applications and leading to incomplete and biased genomes. Here, we show a simple volume reduction approach to make SCG more feasible.
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Literatur
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Morgan Sobol 2013–2016 B.Sc. in Biologie an der Texas A&M University, College Station, TX, USA. 2016–2018 M.Sc. in Meeresbiologie an der Texas A&M University. 2022 Promotion, Karlsruher Institute für Technology (KIT). Seit 2023 NASA Postdoctoral Fellow, University of Wisconsin, USA.
Gunnar Sturm 2009 Diplom Biologie, Universität Freiburg. 2014 Promotion, Karlsruher Institute für Technologie (KIT). 2014–2022 PostDoc, KIT. Seit 2022 Gruppenleiter Institut für Biologische Grenzflächen IBG-5 am KIT.
Anne-Kristin Kaster 2007 Diplom In Chemie, Universität Marburg. 2011 Promotion, Max-Planck-Institut für terrestrische Mikrobiologie. 2011–2014 PostDoc, Stanford University, CA, USA. 2014–2017 Nachwuchsgruppenlelterin Lelbniz-Institut DSMZ. Seit 2017 WS-Professorin und Institutsleiterin IBG-5 am Karlsruher Institute für Technology (KIT).
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Sobol, M.S., Sturm, G. & Kaster, AK. Besser und günstiger: Volumenreduktion in der Einzelzellgenomik. Biospektrum 30, 33–36 (2024). https://doi.org/10.1007/s12268-024-2126-9
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