Abstract
RNA-protein complexes (RNPs) are key players in cell physiology, especially in the context of RNA metabolism. However, their analysis has been dependent on specific protein epitopes or RNA sequence elements, preventing unbiased and cell-wide studies. We developed a three-step protocol, termed Phenol Toluol extraction (PTex), to isolate the complete suite of RNPs in cells, solely based on their unique physicochemical properties after UV-cross-linking. PTex, along with other recently developed unbiased techniques, has the potential to guide the way to cell-wide analysis of RNA-protein interactions.
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Literatur
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Unsere Arbeit zu RNA-Protein-Wechselwirkungen wird finanziert durch die DFG (IRTG 2290) und das „Plus 3“ Programm der Boehringer Ingelheim Stiftung (BIS).
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Stefan Pfister 2013–2017 B. Sc. Bioanalytik an der Hochschule für angewandte Wissenschaften Coburg. 2017–2020 M. Sc. Molekulare Lebenswissenschaften an der HU Berlin. Seit 2020 Promotion am IRI Life Sciences der HU Berlin — AG Dr. B. M. Beckmann.
Benedikt M. Beckmann 2002–2006 Biologiestudium an der Universität Mainz. 2006–2010 Promotion in Pharmazeutischer Chemie bei Prof. Dr. R. Hartmann an der Universität Marburg. 2011–2014 Postdoc am EMBL Heidelberg bei Prof. Dr. M. Hentze. Seit 2014 Gruppenleiter für Molekulare Infektionsbiologie an der HU Berlin.
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Pfister, S., Beckmann, B.M. Systemweite Anreicherung von RNA-Protein-Komplexen. Biospektrum 26, 618–620 (2020). https://doi.org/10.1007/s12268-020-1465-4
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