Comparison of “Remote” Versus “Easy” In Situ Collection Locations for USA Wild Solanum (potato) Germplasm

Abstract

A basic question in germplasm collecting is whether the in situ genetic diversity in a given geographic range has been adequately sampled. While one would ideally sample all diverse sites with appropriate habitat, there is usually a practical bias against visiting relatively inaccessible sites. For wild potato in the USA, mountain habitats often include easy access locations (near roads, usually at lower altitudes), and relatively remote locations (usually high altitude crests that can be accessed only by trail hiking and camping). This work used AFLP markers to compare three southeastern Arizona mountain ranges for which multiple “easy” and “remote” Solanum fendleri populations had been collected. Of the total markers detected, 24%, 6% and 3% were unique to the “remote” locations, and 3%, 21% and 34% were unique to “easy” locations. This case study demonstrates that populations at such locations are not identical, but the most unique alleles are sometimes captured at the remote location, sometimes at the easy. The practical conclusion is that both locations need to be sampled and compared empirically in the lab for unique allele richness to identify locations with highest priority for additional collecting.

Resumen

Una pregunta básica que se hace cuando se colecta germoplasma, es si la diversidad genética in situ dentro de un area geográfica determinada ha sido muestreada adecuadamente. Mientras que idealmente es posible muestrear todos los sitios diversos con el hábitat apropiado, generalmente hay una predisposición práctica en contra de visitar sitios relativamente inaccesibles. En cuanto a especies silvestres de papa en los EUA, los hábitats montañosos a menudo incluyen localidades de fácil acceso (cerca de caminos, generalmente a altitudes bajas), y los lugares relativamente remotos (generalmente lugares de gran altura a los que se tiene acceso solo por rutas de a pie y acampando). En este trabajo se usaron marcadores AFLP para comparar tres montañas del sureste de Arizona en donde se colectaron poblaciones múltiples “fáciles” y “remotas” de Solanum fendleri. Del total de marcadores detectados, 24%, 6% y 3% fueron únicos de las localidades “remotas”, y 3%, 21% y 34% fueron únicas de los lugares “fáciles”. Este estudio demuestra que las poblaciones de tales localidades no son idénticas, pero los alelos mas exclusivos se captan algunas veces en la localidad remota y en otras ocasiones en la fácil. La conclusión práctica es que ambas localidades necesitan muestrearse y compararse empíricamente en el laboratorio, para determinar abundancia de alelos únicos e identificar lugares de la más alta prioridad para colectas adicionales.