Entwicklung epigenetischer Diagnostik in soliden Tumoren

Zusammenfassung

Die Nutzung epigenetischer Marker für die Diagnose maligner Tumoren ist unbestritten auf dem Weg in die klinische Routine. Die Möglichkeiten einer tumorspezifischen Diagnostik sind aber bei Weitem noch nicht ausgeschöpft. Dies liegt v. a. daran, dass bisherige Analysen auf Kandidaten-Gene und Promotoren fokussiert waren und weite Teile des Genoms „außen vor ließen“. Zudem wurden epigenetische und genetische Heterogenität oft nicht mit in Betracht gezogen. Umfassende neue Anstrengungen im Bereich der Tumorepigenomik unter Einbeziehung von Next-Generation-Sequenzierung (NGS) werden in naher Zukunft ein neues biologisches Verständnis schaffen. Die computergestützte Interpretation von epigenomischen Daten wird dazu führen, dass wir uns einem besseren Verständnis und der Nutzung epigenetischer Biomarker für die Tumordiagnostik immer mehr nähern. Es wird immer wichtiger werden, die gefundenen epigenetischen Marker zu kombinieren und mit Hilfe einfacher, flexibler und robuster Testverfahren in großen Kohorten zu analysieren. Hier gibt es erhebliche technische Fortschritte. Weitere interdisziplinäre Anstrengungen müssen aber noch unternommen werden, um epigenetisch basierte Tumordiagnostik in der klinischen Routine fest zu verankern.

Abstract

Using epigenetic markers for the diagnosis of malignant tumors is undoubtedly close to becoming part of the clinical practice. However, the possibilities for the use of epigenetic markers for tumor diagnosis are far from exhausted. So far all marker search strategies have largely focused on candidate genes and promoters while neglecting the rest of the genome. Moreover, the epigenetic and genetic heterogeneity of tumors were not taken into account. Worldwide alliances are currently being built to decipher the maps of tumor epigenomes using next generation sequencing technologies. This will generate comprehensive novel biological insights. Computer-supported interpretations of epigenomic data will lead to a more rational design of epigenetic tumor markers for diagnostic purposes. It will become increasingly important to combine epigenetic markers and to develop sensitive, flexible and robust assays for large cohort testing. Further interdisciplinary work is needed to firmly establish epigenetic diagnosis in the clinical routine.