Skip to main content
Log in

Medizin aus dem Computer

Medicine from the computer

  • Neues aus der Forschung
  • Published:
Zeitschrift für Rheumatologie Aims and scope Submit manuscript

Zusammenfassung

Kleine Moleküle können großen Einfluss auf Stoffwechselprozesse haben. Der computergestützte Wirkstoffentwurf hat zum Ziel, diese kleinen Moleküle derart zu entwickeln, dass sie besonders selektiv und effektiv bestimmte Proteine im Körper adressieren. Im vorliegenden Beitrag wird beschrieben, welche Ideen dem Wirkstoffentwurf zugrunde liegen und wie ein „virtuelles“ Modell für das zu adressierende Protein etabliert wird. Basierend auf diesem Modell kann am Rechner abgeschätzt werden, wie wahrscheinlich vorgegebene Moleküle mit diesem Protein interagieren werden, ohne diese Moleküle dazu chemisch synthetisieren zu müssen. Der moderne, computergestützte Wirkstoffentwurf geht jedoch weit über dieses einfache „Schlüssel-Schloss-Prinzip“ hinaus. Dieser Beitrag informiert daher außerdem über mögliche zukünftige Forschungsfelder und nennt ein erfolgreiches, aktuelles Beispiel des Wirkstoffentwurfs im Bereich der Schmerztherapie.

Abstract

Small molecules can have a significant effect on human metabolic processes. Computational drug design aims at constructing specialized small molecules that selectively and efficiently address specific proteins. The basic ideas of computational molecular design are presented and it will be shown how a virtual protein can be computer designed. This virtual protein can be used to predict the binding affinity of given small molecules without having to synthesize them in a laboratory. Modern computational drug design goes far beyond the lock and key principle. Possible future developments are discussed and a current successful example of computational drug design in the field of painkiller medication is demonstrated.

This is a preview of subscription content, log in via an institution to check access.

Access this article

Price excludes VAT (USA)
Tax calculation will be finalised during checkout.

Instant access to the full article PDF.

Abb. 1
Abb. 2
Abb. 3

Literatur

  1. Freye E (2009) Opioide in der Medizin. 8. Aufl. Springer, Berlin Heidelberg New York Tokio

  2. Bergman HM, Westbrook J, Feng Z et al (2000) The protein data bank. Nucleic Acids Res 28:235–242

    Article  Google Scholar 

  3. Manglik A, Kruse AC, Kobilka TS et al (2012) Crystal structure of the μ-opioid receptor bound to a morphinan antagonist. Nature 485:321–326

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  4. Pogozheva I, Lomize A, Mosberg H (1998) Opioid receptor three-dimensional structures from distance geometry calculations with hydrogen bonding constraints. Biophys J 75:612–634

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  5. Pogozheva I, Przydzial M, Mosberg H (2005) Homology modeling of opioid receptor-ligand complexes using experimental constraints. AAPS J 7:E434–E448

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  6. Fischer E (1894) Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme. Ber Dtsch Chem Gesellschaft 27:2985–2993

    Article  CAS  Google Scholar 

  7. Frenkel D, Smit B (2001) Understanding molecular simulation: from algorithms to applications, 2. Aufl. Academic Press, San Diego

  8. Leach AR (2001) Molecular modelling. Principles and applications, 2. Aufl. Dorset, New York

  9. Yuriev E, Ramsland PA (2013) Latest developments in molecular docking: 2010–2011 in review. J Mol Recognit 26:215–239

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  10. Biesiada J, Porollo A, Velayutham P et al (2011) Survey of public domain software for docking simulations and virtual screening. Hum Genomics 5:497–505

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  11. Hayes JM, Archontis G (2012) MM-GB(PB)SA calculations of protein-ligand binding free energies. In: Wang L (Hrsg) Molecular dynamics – studies of synthetic and biological macromolecules. InTech, Rijeka, Kroatien

  12. Aqvist J, Medina C, Samuelsson JE (1994) A new method for predicting binding affinity in computer-aided drug design. Protein Eng 7:385–391

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  13. Stein C, Zöllner C, Weber M et al (2013) Fentanyl derivatives as pH-dependent opioid receptor agonists. https://data.epo.org. Zugegriffen: 28. Juni 2013

  14. Keilitz J, Radowski MR, Marty JD et al (2008) Dendritic polymers with a core-multishell architecture: a versatile tool for the stabilization of nanoparticles. Chem Mater 20:2423–2425

    Article  CAS  Google Scholar 

  15. Kageyama S, Hoekzema DT, Murakawa Y et al (1994) A C2 symmetry-based HIV protease inhibitor, A77003, irreversibly inhibits infectivity of HIV-1 in vitro. AIDS Res Hum Retroviruses 10:735–743

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  16. Fasting C, Schalley CA, Weber M et al (2012) Multivalency as a chemical organization and action principle. Angew Chem Int Ed Engl 51:10472–10498

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  17. Kramer RH, Karpen JW (1998) Spanning binding sites on allosteric proteins with polymer-linked ligand dimers. Nature 395:710–713

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  18. Shan M, Carlson KE, Bujotzek A et al (2013) Nonsteroidal bivalent estrogen ligands – an application of the bivalent concept to the estrogen receptor. ACS Chem Biol 8:707–715

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  19. Vauquelin G, Charlton SJ (2010) Long-lasting target binding and rebinding as mechanisms to prolong in vivo drug action. Br J Pharmacol 161:488–508

    Article  PubMed  CAS  Google Scholar 

  20. Weber M, Bujotzek A, Haag R (2012) Quantifying the rebinding effect in multivalent chemical ligand-receptor systems. J Chem Phys 137:054111

    Article  PubMed  Google Scholar 

Download references

Einhaltung der ethischen Richtlinien

Interessenkonflikt. PD Dr. M. Weber und sein Koautoren geben an, dass kein Interessenkonflikt besteht. Dieser Beitrag beinhaltet keine Studien an Menschen oder Tieren.

Author information

Authors and Affiliations

Authors

Corresponding author

Correspondence to M. Weber.

Additional information

Dieser Beitrag wurde bereits online in der Zeitschrift Der Anästhesist 2013, doi 10.1007/s00101-013-2202-x publiziert.

Rights and permissions

Reprints and permissions

About this article

Cite this article

Andrae, K., Durmaz, V., Fackeldey, K. et al. Medizin aus dem Computer. Z. Rheumatol. 72, 809–813 (2013). https://doi.org/10.1007/s00393-013-1263-1

Download citation

  • Published:

  • Issue Date:

  • DOI: https://doi.org/10.1007/s00393-013-1263-1

Schlüsselwörter

Keywords

Navigation