Systematische Literaturrecherche in PubMed

Zusammenfassung

Um in der Fülle von Informationen die aktuelle Evidenz zu einer bestimmten klinischen Fragestellung zu identifizieren, sind Kenntnisse in der systematischen Literatursuche erforderlich. Eine effiziente Vorgehensweise ist eine Suche in einer biomedizinischen Datenbank, die relevante Literaturangaben zu Studienberichten enthält. In diesem Artikel wird die Vorgehensweise einer systematischen Suche in PubMed (MEDLINE) anhand einer Beispielfragestellung aus dem Bereich der Ophthalmologie Schritt für Schritt erläutert. Zuerst wird erläutert, wie das klinische Problem in eine konkrete und suchbare Fragestellung übersetzt wird, wie relevante Suchbegriffe gefunden werden können und wie eine Textwortsuche und eine Suche mit Schlagwörtern (MeSH-Begriffen) durchgeführt wird. Weiterhin werden Möglichkeiten aufgezeigt, wie das Suchergebnis eingegrenzt werden kann, wenn die Suche zu viele Literaturangaben liefert, und wie es bei zu wenigen Treffern erweitert werden kann. Abschließend sind die wichtigsten Grundlagen für eine Suche mit PubMed zusammengefasst dargestellt.

Abstract

In order to identify current (and relevant) evidence for a specific clinical question within the unmanageable amount of information available, solid skills in performing a systematic literature search are essential. An efficient approach is to search a biomedical database containing relevant literature citations of study reports. In this article, we explain step by step how to perform a systematic literature search via PubMed (MEDLINE) by means of an example research question in the field of ophthalmology. First, we demonstrate how to translate the clinical problem into a well-framed and searchable research question, how to identify relevant search terms and how to conduct a text word search and a search with keywords in MeSH terms. We then show how to limit the number of search results if the search yields too many irrelevant hits and how to increase the number in the case of too few citations. Finally, we summarize all essential principles that guide a literature search via PubMed.

CME-Fragebogen

Welche Aussage zur Suchoberfläche „PubMed“ ist richtig?

PubMed umfasst ungefähr 250 Mio. Referenzen zu biomedizinischen Themen.

PubMed enthält nur englischsprachige Publikationen.

PubMed ist eine Volltextdatenbank und erlaubt daher die Suche im kompletten Text der Zeitschriftenpublikationen.

Literaturstellen, die aktuell neu in PubMed aufgenommen wurden, kann man nicht mit einer Suche über die MeSH („medical subject headings“) finden.

PubMed besteht aus der Datenbank „Medline“ und enthält ausschließlich Literaturstellen, die mit MeSH verschlagwortet sind.

Sie führen eine Recherche in PubMed nach einer bestimmten Fragestellung durch und erhalten als Ergebnis 100 Literaturstellen („Search results“). Davon sind 20 Literaturstellen für die Fragestellung nicht relevant. Welche Aussage lässt sich aus diesen Zahlen herleiten?

Die Precision beträgt 80 %.

Die Precision ist unbekannt.

Die Precision beträgt 20 %.

Die Precision beträgt 5 %.

Aus diesen Trefferzahlen lässt sich der Recall berechnen.

Eine Recherche mit dem Begriff „Cataract“ (ohne Feldkürzel, ohne Trunkierung, ohne Hochkommata) in der Eingabezeile auf der PubMed-Startseite ergibt ca. 65.000 Treffer („Search results“). Welche Aussage trifft zu?

Es wird nur im verschlagworteten Teil von PubMed gesucht.

Es werden nur Artikel gefunden, die mit dem MeSH-Begriff „Cataract“ verschlagwortet wurden.

Die Eingabe „Cataract“ wird PubMed-intern mittels der Automatic-Term-Mapping-Funktion erweitert.

Es werden automatisch variable Endungen in der Schreibweise mitgesucht, z. B. „Cataracts“.

Alle MeSH-Begriffe, die in der Hierarchie unter dem Begriff „Cataract“ liegen, werden nicht mitgesucht, d. h. die Explode-Funktion wird nicht angewendet.

Welche Suchmöglichkeit zur Variation des Suchergebnisses ist korrekt?

Bei Eingabe des *-Zeichens am Ende eines Suchbegriffs wird der Begriff als Hauptaspekt („Major Topic“) gesucht.

Die Kombination von Suchbegriffen oder Suchschritten mit dem Boole’schen Operatoren „OR“ grenzt das Suchergebnis ein.

Die Kombination von Suchbegriffen oder Suchschritten mit dem Boole’schen Operatoren „AND“ vergrößert das Suchergebnis.

Eine Suche mit dem Feldkürzel „[tw]“ beinhaltet auch das Suchfeld für Autorennamen und Journaltitel.

Mit einem Filter kann das Suchergebnis auf bestimmte Altersgruppen, Publikationszeiträume und Studiendesigns eingegrenzt werden.

Sie haben im September 2017 folgende Suchstrategie für Ihre Suche verwendet:

Sie stellen beim Sichten der 11 Treffer fest, dass die folgende Literaturstelle, die Ihnen als relevant bereits bekannt ist, nicht im Ergebnis enthalten ist: Mintz-Hittner HA, Kennedy KA, Chuang AZ; BEAT-ROP Cooperative Group. Efficacy of intravitreal bevacizumab for stage 3+ retinopathy of prematurity. N Engl J Med. 2011 Feb 17;364(7):603–15. PubMed PMID: 21323540. Woran liegt es, dass diese Literaturstelle nicht gefunden wurde? Um das herauszufinden, haben Sie nach dieser Literaturstelle in PubMed gesucht (z. B. mit der Eingabe der PubMed-ID [PMID] in der Zeile auf der PubMed-Startseite) und sich die kompletten bibliographischen Angaben und die Verschlagwortung im Format „Abstract“ anzeigen lassen. Verschlagwortung: Publication types, Comparative Study, Multicenter Study, Randomized Controlled Trial, Research Support, N.I.H., Extramural, Research Support, Non-U.S. Gov’t, MeSH terms, Angiogenesis Inhibitors/adverse effects, Angiogenesis Inhibitors/therapeutic use*, Antibodies, Monoclonal/adverse effects, Antibodies, Monoclonal/therapeutic use*, Antibodies, Monoclonal, Humanized, Bevacizumab, Female, Humans, Infant, Newborn, Infant, Premature, Intravitreal Injections, Laser Therapy*/adverse effects, Male, Prospective Studies, Recurrence, Retina/drug effects, Retina/pathology, Retinal Vessels, Retinopathy of Prematurity/classification, Retinopathy of Prematurity/drug therapy*, Retinopathy of Prematurity/therapy, Severity of Illness Index

Die Literaturstelle ist noch nicht verschlagwortet.

Es handelt sich um keine randomisierte Studie.

Die Literaturstelle wurde anders verschlagwortet, als in der Suchstrategie angegeben ist.

Die verwendeten MeSH-Begriffe wurden erst nach dem Publikationsjahr 2011 in die MeSH-Database aufgenommen.

Es wurden den MeSH-Begriffen aus Schritt #2 und #6 keine Subheadings zugeordnet.

In einer schrittweisen Suche in PubMed sind in der History u. a. diese zwei Suchschritte enthalten mit den Treffern (siehe folgende Abb.). Welche Aussage ist logisch korrekt?

„#3 AND #5“ findet die Literaturstellen, die zumindest mit einem der MeSH-Begriffe „Macular Edema“ oder „Diabetic Retinopathy“ verschlagwortet sind.

Die Trefferzahl von „#3 AND #5“ kann zwischen 0 und 5677 liegen.

Die Trefferzahl von „#3 OR #5“ kann höchstens 5677 betragen.

Die Trefferzahl von „#3 OR #5“ ist mindestens 5677.

„#3 OR #5“ findet die Literaturstellen, die sowohl mit dem MeSH „Macular Edema“ als auch mit „Diabetic Retinopathy“ verschlagwortet sind.

Welche Möglichkeit der Recherche ist geeignet, um die Vollständigkeit (Recall bzw. Sensitivität) eines Rechercheergebnisses zu erhöhen?

Mit einem passenden Begriff aus dem Filter „Article type“ eingrenzen.

Möglichst mehrere Komponenten der PICO-Fragestellung mit „AND“ verbinden

Den spezifischsten MeSH-Begriff wählen, anstatt hierarchisch übergeordneten MeSH mit Unterbegriffen.

Auf die Trunkierung von Textwörtern verzichten.

MeSH-Begriffe und Textwörter zu einem Aspekt des PICO-Schemas, z. B. „Intervention“, mit „OR“ kombinieren.

Welche Möglichkeit der Recherche ist geeignet, um die Genauigkeit (Precision) eines Rechercheergebnisses zu erhöhen?

In der MeSH Database den MeSH-Begriffen passende Subheadings zuordnen.

Mit Begriffen zu dem Aspekt aus dem PICO-Schema suchen, von dem die niedrigste Trefferzahl erwartet wird, z. B. bei einer neu eingeführten Intervention. Wenn diese Trefferzahl schon überschaubar ist, nicht mit weiteren Aspekten aus dem PICO-Schema eingrenzen, z. B. „Erkrankung“.

MeSH mit allen Unterbegriffen suchen.

Phrasen in Einzelbegriffe aufteilen, trunkieren und mit „AND“ verbinden, z. B. „retinopath*[tw] AND prematur*[tw]“ anstatt „retinopathy of prematurity[tw]“

MeSH-Begriffe nicht als Hauptaspekt („MeSH Major Topic“) suchen.

Welche Suchstrategie findet sowohl verschlagwortete als auch nichtverschlagwortete Literaturstellen?

„Retinopathy of Prematurity“[Mesh] AND anti-VEGF[tw]

retinopath*[tw] AND prematur*[tw] Filters: Newborn: birth-1 month

Eingabe in der Zeile auf der PubMed-Startseite: „retinopathy of prematurity AND anti-VEGF“.

Eingabe in der Zeile auf der PubMed-Startseite: „retinopathy of prematurity AND medline[sb]“.

„Retinopathy of Prematurity“[Mesh] AND (vegf*[tw] OR bevacizumab[tw])

In welchen Feldern wird gesucht, wenn man bei der Suche nur nach „Text Words“ [TW] sucht, z. B. „Cataract[tw]“?

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