Evaluation of NASH and RT-PCR for the detection of PVY in dormant tubers and its comparison with visual symptoms and ELISA in plants

Abstract

Detection of the common strain of PVY (PVY^O) in field-grown dormant potato tubers, by nucleic acid spot hybridization (NASH) and reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was compared with diagnosis by visual symptoms and enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) on leaves of eight potato cultivars, differing in their symptom expression and virus content. NASH and RT-PCR readily detected PVY^O in dormant tubers. The percent agreement between NASH and RT-PCR ranged from 77.6 to 100 for cvs. included in this study (AC Novachip, Atlantic, Norchip, Red Pontiac, Russet Burbank, Russet Norkotah, Shepody and Superior). ELISA on leaves was almost as good as NASH and RT-PCR on dormant tubers, but required dormancy break. Only two cultivars, namely Red Pontiac and Russet Burbank, could accurately be assessed, based on the visual symptoms. A very high degree of discrepancy was observed for PVY^O diagnosis between visual symptoms and other detection procedures for varieties like Russet Norkotah and Shepody, which are known to be latent carriers of PVY^O. The use of NASH and RT-PCR in large-scale post-harvest testing is feasible.

Resumen

La detección de la raza común del PVY (PVY^O) en tubérculos de papa en estado de dormancia que crecen en el campo por medio de la hibridación de ácidos nucleicos (NASH) y la reacción en cadena por la transcripción reversa de la polimerasa (RT-PCR) se compararon con el diagnóstico mediante síntomas visuales y la prueba inmunoenzimática (ELISA) en las hojas de ocho cultivares de papa, difiriendo en sus síntomas y en el contenido del virus. Tanto NASH como RT-PCR detectaron con facilidad la presencia de PVY^O en tubérculos en estado de dormancia. El rango de porcentaje entre NASH y RT-PCR fluctuó entre 77.6 y 100 para los cultivares incluidos en este estudio (AC Novachip, Atlantic, Norchip, Red Pontiac, Russet Burbank, Russet Norkotah, Shepody y Superior). ELISA fue casi tan efectiva en las hojas como NASH y RT-PCR en los tubérculos latentes, pero requirió el rompimiento del estado de dormacia. Sólo dos cultivares, específicamente Red Pontiac y Russet Burbank, pudieron ser evaluados con precisión en base a sus síntomas visuales. Se observó un alto nivel de discrepancia para el diagnostico de PVY^O entre los síntomas visuales y otros procedimientos de detección para variedades como Russet Norkotah y Shepody, las cuales son conocidas como portadoras latentes de PVY^O. Es confiable el uso de NASH y RT-PCR en evaluaciones a gran escala después de la cosecha.