DNA typing of urine samples following several years of storage

Summary

The possibility of typing DNA polymorphisms on urine samples was investigated in a controlled storage experiment and for samples that were 1-7 years old. Female urine samples showed a higher amount of epithelial cells and therefore a higher DNA yield. Employing the polymerase chain reaction, specific amplification results were achieved for all samples over a 6 month storage period. The microscopical examination of the samples revealed not only differing degrees of contamination with bacteria, yeasts and fungi, but also the presence of still intact epithelial cells. Only 20% of the male samples and 32% of the female samples yielded specific amplification results. By separating the human cells from the contaminating organisms prior to DNA extraction, the number of successfully typed samples could be improved to 35% of the male and 77% of the female samples. This result confirms that excess amounts of coextracted non-human DNA can inhibit the specific amplification of human target sequences.

Zusammenfassung

Die Typisierbarkeit von DNA-Polymorphismen an gelagerten Urinproben wurde in einem systematischen Lagerungsexperiment und stichprobenartig au 1-7 Jahre alten Proben untersucht. In beiden Untersuchungen zeigte sich bei Frauen eine erhöhte Zahl von Epithelzellen im Urin und damit eine größere Menge an extrahierbarer DNA. Mit dem Verfahren der Genamplifikation konnten für den untersuchten Zeitraum von sechs Monaten alle Proben typisiert werden. Die mikroskopische Begutachtung der mehrere Jahre alten Proben zeigte verschiedene Grade von Kontamination mit Bakterien, Hefen und Pilzen, aber auch das Vorhandensein von intakten Epithelzellen. Nur 20% der Urinproben von Männern und 32% der Proben von Frauen ergaben spezifische Amplifikationsergebnisse. Durch die Trennung von humanen Zellen und kontaminierenden Organismen vor der DNA-Extraktion konnte diese Quote auf 35% der männlichen und 77% der weiblichen Proben erhöht werden. Dieses Ergebnis zeigt, daß ein hoher Anteil koextrahierter nicht menschlicher DNA einen hemmenden Effekt auf die spezifische Amplifikation humaner Zielsequenzen hat.