Complete¹H- and¹³C-NMR spectroscopic assignment of two pentadecapeptides by reverse C,H correlation techniques

Summary

Two oligopeptides representing a wild type and a modified version of the polyprotein cleavage region for proteinase2 A of the human rhinovirus type 2 (HRV 22 A) have been investigated using homo- and heterocorrelated 2 D NMR spectroscopy. Proton-detected C,H correlation techniques turned out to be extremely useful for sequential resonance assignment. In one case, the complete amino acid backbone could be analyzed without using NOESY spectra, thus avoiding ambiguities inherent to this method. No defined tertiary structure of the cleavage region could be detected in either molecule. However, one of the oligopeptides is present to a very low extent in a conformation different from therandom-coil arrangement.

Zusammenfassung

Zwei Oligopeptide, die die native Spaltregion für die Proteinase2 A des humanen Rhinovirus von Serotyp 2 (HRV 22 A) beziehungsweise eine modifizierte Version repräsentieren, wurden mit Hilfe von homo- und heterokorrelierter 2 D-NMR-Spektroskopie untersucht. Protondetektierte C,H-Korrelationstechniken erwiesen sich als außerordentlich hilfreich bei der sequenziellen Zuordnung. In einem Fall konnte das gesamte Aminosäureskelett ohne Zuhilfenahme von NOESY-Spektren analysiert und damit die dieser Methode inhärenten Unsicherheiten bei der Zuordnung vermieden werden. In keinem der beiden Moleküle konnte eine definierte Tertiärstruktur der Spaltregion ermittelt werden. Eines der beiden Oligopeptide liegt jedoch zu einem sehr geringen Prozentsatz in einer von derrandom-coil Anordnung abweichenden Konformation vor.