Theoretical Investigation of Normal to Strong Hydrogen Bonds

(a) Jeffrey, G. A.; Saenger, W. Hydrogen Bonding in Biological Structures; Berlin: Springer-Verlag, 1991; (b) Jeffrey, G. A. In An Introduction to Hydrogen Bonding; Truhlar, D. G., Eds.; Oxford University Press: New York, 1997.Google Scholar

(a) Modeling the Hydrogen Bond in ACS Symposium Series 569; Smith, D. A., Ed.; American Chemical Society: Washington, DC, 1994; (b) Scheiner, S. In Hydrogen Bonding. A Theoretical Perspective; Oxford University Press: New York, 1997; (c) Desiraju, G. R.; Steiner, T. D. In The Weak Hydrogen Bond: In Structural Chemistry and Biology (International Union of Crystallography Monographs on Crystallography, 9); Oxford University Press: New York, 1999.Google Scholar

(a) Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. In Encyclopedia of Nanoscience and Nanotechnology; Nalwa, H. S., Ed.; American Science Publishers: California, 2004; Vol. 7, pp. 367–404; (b) Schmidtchen, F. P.; Berger, M. Chem. Rev. 1997, 97, 1609; (c) Tarakeshwar, P.; Choi, H. S.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3323; (d) Auer, F.; Schubert, D. W.; Stamm, M.; Arnebrant, T.; Swietlow, A.; Zizlsperger, M.; Sellergren, B. Chem. Eur. J. 1999, 5, 1150; (e) Kim, H. G.; Lee, C.-W.; Yun, S.; Hong, B. H.; Kim, Y.-O.; Kim, D.; Ihm, H.; Lee, J. W.; Lee, E. C.; Tarakeshwar, P.; Park, S.-M.; Kim, K. S. Org. Lett. 2002, 4, 3971; (f) Wulff, G.; Gross, T.; Schonfeld, R. Angew. Chem. Int. 1997, 36, 1962; (g) Sukharevsky, A. P.; Read, I.; Linton, B.; Hamilton, A. D.; Waldeck, D. H. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5394.Google Scholar

(a) Hong, B. H.; Lee, J. Y.; Lee, C.-W.; Kim, J. C.; Bae, S. C.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10748; (b) Hong, B. H.; Bae, S. C.; Lee, C.-W.; Jeong, S.; Kim, K. S. Science 2001, 294, 348; (c) Kim, K. S.; Suh, S. B.; Kim, J. C.; Hong, B. H.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y.; Kim, Y.; Yun, S.; Lee, E. C.; Ihm, H. J.; Kim, H. G.; Lee, J. W.; Kim, J. K.; Lee, H. M.; Kim, D.; Cui, C.; Lee, J. W.; Youn, S. J.; Kim, C. Y.; Chung, H. Y.; Choi, H. S.; Lee, C.-W.; Cho, S. J.; Jeong, S.; Cho, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14268; (d) Suh, S. B.; Hong, B. H.; Tarakeshwar, P.; Youn, S. J.; Jeong, S.; Kim, K. S. Phys. Rev. B 2003, 67, 241402(R).Google Scholar

(a) Mittal, R.; Howard, A. Phys. Rev. B 1996, 53, 14171; (b) Mei, H. S.; Tuckerman, M. E.; Sagnella, D. E.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10446.Google Scholar

Yun, S.; Ihm, H.; Kim, H. G.; Lee, C.-W.; Indrajit, B.; Oh, K. S.; Gong, Y. J.; Lee, J. W.; Yoon, J.; Lee, H. C.; Kim, K. S. J. Org. Chem. 2003, 68, 2467; Ihm, H.; Yun, S.; Kim, H. G.; Kim, J. K.; Kim, K. S. Org. Lett. 2002, 4, 2897.Google Scholar

(a) Kim, K. S.; Clementi, E. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 5504; (b) Son, H. S.; Hong, B. H.; Lee, C.-W.; Yun, S.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 514.Google Scholar

(a) Kollman, P. A.; Allen, L. C. Chem. Rev. 1972, 72, 283; (b) Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Chem. Soc. Rev. 1998, 27, 163; (c) Hobza, P.; Havlas, Z. Chem. Rev. 2000, 100, 4253; (d) Wormer, P. E. S.; Avoird, A. V. D. Chem. Rev. 2000, 100, 4109; (e) Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Mol. Struct. 2002, 615, 227; (f) Tarakeshwar, P.; Lee, H. M.; Kim, K. S. In Reviews of Modern Quantum Chemistry; Sen, K. D., Ed.; World Scientific: Singapore, 2002; Vol. II, p. 1642; (g) Perrin, C. L.; Nielson, J. B. Annu. Rev. Phys. Chem. 1997, 48, 511.Google Scholar

Kim, K. S.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y. Chem. Rev. 2000, 100, 4145.CrossRefPubMedGoogle Scholar

(a) Odde, S.; Mhin, B. J.; Lee, S.; Lee, H. M.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9524; (b) Re, S.; Osamura, Y.; Suzuki, Y.; Schaefer, H. F., III, J. Chem. Phys. 1998, 109, 973; (c) Cabaleiro-Lago, E. M.; Hermida-Ramon, J. M.; Rodriguez-Otero, J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 3160.Google Scholar

(a) Lee, H. M.; Tarakeshwar, P.; Park, J.; Kolaski, M. R.; Yoon, Y. J.; Yi, H.; Kim, W. Y.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 2949; (b) Kim, J.; Lee, S.; Cho, S. J.; Mhin, B. J.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 1995, 102, 839; (c) Lee, H. M.; Min, S. K.; Lee, E. C.; Min, J. H.; Odde, S.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 064314.Google Scholar

(a) Blades, A. T.; Jayaweera, P.; Ikonomou, M. G.; Kebarle, P. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5900; (b) Perera, L.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1993, 99, 4222; (c) Roeselova, M.; Jacoby, G.; Kaldor, U.; Jungwirth P. Chem. Phys. Lett. 1998, 293, 309; (d) Baik, J.; Kim, J.; Majumdar, D.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9116; (e) Majumdar, D.; Kim, J.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 101; (f) Kim, J.; Lee, H. M.; Suh, S. B.; Majumdar, D.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5259; (g) Lee, H. M.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2001, 114, 4461; (h) Masamura, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5257; (i) Lee, H. M.; Kim, D.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 5509; (j) Vila, F.; Jordan, K. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 1391; (k) Odde, S.; Pak, C.; Lee, H. M.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 204; (l) Grishina, N.; Buch, V. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5217; (m) Lee, H. M.; Suh, S. B.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 044309.Google Scholar

(a) Kwon, J. Y.; Singh, N. J.; Kim, H. N.; Kim, S. K.; Kim, K. S.; Yoon, J. Y. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8892; (b) Yun, S.; Kim, Y.-O.; Kim, D.; Kim, H. G.; lhm, H.; Kim, J. K.; Lee, C.-W.; Lee, W. J.; Yoon, J.; Oh, K. S.; Yoon, J.; Park, S.-M.; Kim, K. S. Org. Lett. 2003, 5, 471; (c) Manojkumar, T. K.; Kim, D.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014305; (d) Bandyopadhyay, I.; Lee, H. M.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1720; (e) Lee, E. C.; Hong, B. H.; Lee, J. Y.; Kim, J. C.; Kim, D.; Kim, Y.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4530.Google Scholar

(a) Lisy, J. M. Int. Rev. Phys. Chem. 1997, 16, 267; (b) Kim, K. S.; Lee, J. Y.; Choi, H. S.; Kim, J.; Jang, J. H. Chem. Phys. Lett. 1997, 265, 497; (c) Rodgers, M. T.; Armentrout, P. B. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 1238; (d) Tarakeshwar, P.; Choi, H. S.; Lee, S. J.; Lee, J. Y.; Kim, K. S.; Ha, T.-K.; Jang, J. H.; Lee, J. G.; Lee, H. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5838; (e) Tarakeshwar, P.; Kim, K. S.; Brutschy, B. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1295; (f) Stace, A. J. Science 2001, 294, 1292; Stace, A. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1935; (g) Tarakeshwar, P.; Choi, H. S.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3323; (h) Tarakeshwar, P.; Kim, K. S.; Kraka, E.; Cremer, D. J. Chem. Phys. 2001, 115, 6018; (i) Stace, A. J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7993; (j) Manojkumar, T. K.; Choi, H. S.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8681; (k) Subirana, J. A.; Soler-Lopez, M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 27.Google Scholar

(a) Gora, R. W.; Roszak, S.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2000, 325, 7; (b) Grabowski, S. J.; Robinson, T. L.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 44; (c) Grabowski, S. J. Chem. Phys. Lett. 2001, 338, 361; (d) Melandri, S.; Sanz, M. E.; Caminati, W.; Favero, P. G.; Kisiel, Z. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11504.Google Scholar

(a) Lee, H. M.; Lee, S.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 187; (b) Suh, S. B.; Lee, H. M.; Kim, J.; Lee, J. Y.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5273.Google Scholar

(a) Wang, Y.-S.; Chang, H.-C.; Jiang, J.-C.; Lin, S. H.; Lee, Y. T.; Chang, H.-C. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8777; (b) Jiang, J.-C.; Wang, Y.-S.; Chang, H.-C.; Lin, S. H.; Lee, Y. T.; Niedner-Schatteburg, G.; Chang, H.-C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1398.Google Scholar

(a) Lee, H. M.; Suh, S. B.; Lee, J. Y.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9759; (b) Lee, H. M.; Suh, S. B.; Lee, J. Y.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3343; (c) Lee, H. M.; Suh, S. B.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2001, 114, 10749; Lee, H. M.; Suh, S. B.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2002, 115, 7331.Google Scholar

(a) Kim, K. S.; Dupuis, M.; Lie, G. C.; Clementi, E. Chem. Phys. Lett. 1986, 131, 451; (b) Mhin, B. J.; Kim, H. S.; Kim, H. S.; Yoon, J. W.; Kim, K. S. Chem. Phys. Lett. 1991, 176, 41; (c) Kim, K. S.; Mhin, B. J.; Choi, U.-S.; Lee, K. J. Chem. Phys. 1992, 97, 6649; (d) Mhin, B. J.; Lee, S. J.; Kim, K. S. Phys. Rev. A 1993, 48, 3764; (e) Mhin, B. J.; Kim, J.; Lee, S.; Lee, J. Y.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 1994, 100, 4484; (f) Kim, J.; Mhin, B. J.; Lee, S. J.; Kim, K. S. Chem. Phys. Lett. 1994, 219, 243; (g) Kim, J.; Lee, J. Y.; Lee, S.; Mhin, B. J.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 1995, 102, 310; (h) Kim, J.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 1998, 109, 5886; (i) Kim, J.; Majumdar, D.; Lee, H. M.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9128.Google Scholar

(a) Steinbach, C.; Andersson, P.; Kazimirski, J. K.; Buck, U.; Buch, V.; Beu, T. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6165; (b) Lilach, Y.; Buch, V.; Asscher, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11899; (c) Buch, V.; Devlin, J. P. J. Chem. Phys. 1999, 110, 3437; (d) Burnham, C. J.; Xantheas, S. S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1479; (e) Xantheas, S. S.; Miller, M. A.; Applegate, B. E.; Miller, R. E. J. Chem. Phys. 2002, 117, 1109; (f) Fajardo, M. E.; Tam, S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 6807.Google Scholar

(a) Liu, K.; Brown, M. G.; Carter, C.; Saykally, R. J.; Gregory, J. K.; Clary, D. C. Nature 1996, 381, 501; (b) Huisken, F.; Kaloudis, M.; Kulcke, A. J. Chem. Phys. 1996, 104, 17; (c) Paul, J. B.; Collier, C. P.; Scherer, J. J.; O’Keefe, A.; Saykally, R. J. J. Phys. Chem. 1997, 101, 5211.Google Scholar

Steinbach, C.; Andersson, P.; Melzer, M.; Kazimirski, J. K.; Buck, U.; Buch, V. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 3320.CrossRefGoogle Scholar

Miller, R. E.; Nauta, K. Science 1999, 283, 1895.CrossRefPubMedGoogle Scholar

Howard, B. J.; Dyke, T. R.; Klemperer, W. J. Chem. Phys. 1984, 81, 5417.CrossRefGoogle Scholar

Guedes, R. C.; Couto, P. C. D.; Cabral, B. J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1272.CrossRefGoogle Scholar

Rincon, L.; Almeida, R.; Garcia-Aldea, D.; Riega, H. D. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5552.CrossRefGoogle Scholar

(a) Karpfen, A. J. J. Phys. Chem.1996, 100, 13474; (b) Karpfen, A. J. J. Phys. Chem. 1998, 102, 9286.Google Scholar

(a) Soper, A. K.; Bruni, F.; Ricci, M. A. J. Chem. Phys. 1997, 106, 247; (b) Lonsdale, K. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1958, 247, 424; (c) Peterson, S. W.; Levy, H. A. Acta Crystallogr. 1957, 10, 70.Google Scholar

Suhai, S. J. Chem. Phys. 1994, 101, 9766; Suhai, S. J. Phys. Chem. 1995, 99, 1172.Google Scholar

(a) Hermansson, K.; Alfredsson, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1993; (b) Ojamae, L.; Hermansson, K. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4271.Google Scholar

Masella, M.; Flament, J. P. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7141.CrossRefGoogle Scholar

Etter, M. C.; Urbanczyk-Lipkowska, Z.; Jahn, D. A.; Frye, J. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 5871.CrossRefGoogle Scholar

(a) Dannenberg, J. J. J. Mol. Struct. 2002, 615, 219; (b) Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1640; (c) Masunov, A.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 806; (d) Dannenberg, J. J.; Haskamp, L.; Masaunov, A. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7083.Google Scholar

Zhao, Y.-L.; Wu, Y.-D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1570.CrossRefPubMedGoogle Scholar

Suh, S. B.; Kim, J. C.; Choi, Y. C.; Yun, S.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2186.CrossRefPubMedGoogle Scholar

(a) Wang, Y.; Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1991, 43, 8911; (b) Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.Google Scholar

Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1990, 41, 7892.CrossRefGoogle Scholar

(a) Kim, K. S.; Oh, K. S.; Lee, J. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 6373; (b) Oh, K. S.; Cha, S.-S.; Kim, D.-H.; cho, H.-S.; Ha, N.-C.; Choi, G.; Lee, J. Y.; Tarakeshwar, P.; Son, H. S.; Choi, K. Y.; Oh, B.-H.; Kim, K. S. Biochemistry 2000, 39, 13891; (c) Kim, K. S.; Kim, D.; Lee, J. Y.; Tarakeshwar, P.; Oh, K. S. Biochemistry 2002, 41, 5300; (d) Cho, H.-S.; Ha, N.-C.; Choi, G.; Kim, H.-J.; Lee, D.; Oh, K. S.; Kim, K. S.; Lee, W.; Choi, K. Y.; Oh, B.-H. J. Biol. Chem. 1999, 274, 32863; (e) Manojkumar, T. K.; Cui, C.; Kim, K. S. J. Comput. Chem. 2005, 26, 606.Google Scholar

(a) Cleland, W. W.; Kreevoy, M. M. Science 1994, 264, 1887; (b) Frey, P. A.; Whitt, S. A.; Tobin, J. B. Science 1994, 264, 1927.Google Scholar

(a) Wu, Z. R.; Ebrahimian, S.; Zawrotny, M. E.; Thornburg, L. D.; Perez-Alvarado, G. C.; Brothers, P.; Pollack, R. M.; Summers, M. F. Science 1997, 276, 415; (b) Warshell, A.; Parazyan, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13665.Google Scholar

(a) Kim, S. W.; Cha, S.-S.; Cho, H.-S.; Kim, J.-S.; Ha, N.-C.; Cho, M.-J.; Joo, S.; Kim, K.-K.; Choi, K. Y.; Oh, B.-H. Biochemistry 1997, 36, 14030; (b) Cho, H.-S.; Choi, G.; Choi, K. Y.; Oh, B.-H. Biochemistry 1998, 37, 8325.Google Scholar

(a) Zhao, Q.; Abeygunawardana, C.; Talalay, P.; Mildvan, A. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8220; (b) Li, Y. K.; Kuliopulos, A.; Mildvan, A. S.; Talalay, P. Biochemistry 1993, 32, 1816; (c) Petrounia, I. P.; Pollack, R. M. Biochemistry 1998, 37, 700.Google Scholar

Jeziorski, B.; Moszynski, R.; Ratkiewicz, A.; Rybak, S.; Szalewicz, K.; Williams, H. L. Methods and Techniques in Computational Chemistry: METECC-94, Medium Size Systems; Clementi, E., Ed.; STEF: Cagliari, 1993; Vol. B.Google Scholar

(a) Oh, K. S.; Lee, C.-W.; Choi, H. S.; Lee, S. J.; Kim, K. S. Org. Lett. 2000, 2, 2679; (b) Buhlmann, P.; Pretsch, E.; Bakker, E. Chem. Rev. 1998, 98, 1593.Google Scholar

(a) Mizuno, T.; Wei, W.-H.; Eller, L. R.; Sessler, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1134; (b) Yamaguchi, S.; Akiyama, S.; Tamao, K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11372; (c) Anzenbacher, Jr., P.; Jursíková, K.; Lynch, V. M.; Gale, P. A.; Sessler, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11020; (d) McCleskey, S. C.; Griffin, M. J.; Schneider, S. E.; McDevitt, J. T.; Anslyn, E. V. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1114; (e) Baldini, L.; Wilson, A. J.; Hong, J.; Hamilton, A. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5656; (f) Schmuck, C.; Geiger, L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8898.Google Scholar

(a) Kim, S. K.; Singh, N. J.; Kim, S. J.; Kim, H. G.; Kim, J. K.; Lee, J. W.; Kim, K. S.; Yoon, J. Org. Lett. 2003, 5, 2083; (b) Yoon, J.; Kim, S. K.; Singh, N. J.; Lee, J. W.; Yang, Y. J.; Chellappan, K.; Kim, K. S. J. Org. Chem. 2004, 69, 581; (c) Chellappan, K.; Singh, N. J.; Hwang, I.-C.; Lee, J. W.; Kim, K. S. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 2899; Angew. Chem. 2005, 117, 2959.Google Scholar

Streitwieser, A.; Heathcock, C. H.; Kosower, E. M. Introduction to Organic Chemistry; Macmillan: New York, 1992, 4th ed., p. 1101.Google Scholar

Lee, H. M.; Kim, J.; Lee, S.; Mhin, B. J.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3995.CrossRefGoogle Scholar

(a) Kim, K. S.; Cui, C.; Cho, S. J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 461; (b) Suh, S. B.; Cui, C.; Son, H. S.; U, J. S.; Won, Y.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2061.Google Scholar

(a) Kim, K. S.; Tarakeshwar, P.; Lee, H. M. In Dekker Encyclopedia of Nanoscience and Nanotechnology; Schwarz, J. A., Contescu, C., Putyera, K., Eds.; Marcel Dekker Inc.: New York, 2004; Vol. 3, pp. 2423–2433; (b) Kim, K. S. Bull. Korean Chem. Soc. 2003, 24, 757; (c) Tarakeshwar, P.; Kim, D.; Lee, H. M.; Suh, S. B.; Kim, K. S. In Computational Material Science; Leszczynski, J., Ed.; Elsevier: Amsterdam, 2004, pp. 119–170.Google Scholar