Zusammenfassung
Hintergrund
In Ergänzung zu BBMRI, das eine europäische Forschungsinfrastruktur für Biobanken aufbaut, werden in BBMRI-LPC die großen europäischen prospektiven Studien vernetzt, um länderübergreifende Forschung zu wichtigen Krankheitsgruppen und zur Gesundheitsvorsorge zu ermöglichen. Ein Instrument hierfür ist die Datenbankanwendung „LPC Catalogue“, die den Zugang zu Biomaterialien der beteiligten Kohorten unterstützt.
Ziel der Arbeit
Mit dem „LPC Catalogue“ wird ein im Einsatz befindliches und relevantes Werkzeug zur Vernetzung von Biobanken vorgestellt. Der LPC Catalogue wurde zudem erweitert, um Kompatibilität zu dem Standard MIABIS herzustellen und um die Suchmöglichkeiten zu verbessern. Diese Arbeit beschreibt den LPC Catalogue, seinen organisatorisch-technischen Rahmen und die genannten Weiterentwicklungen.
Material und Methoden
Der LPC Catalogue dient einer strukturierten Übersicht über die teilnehmenden Kohorten. Er stellt verschiedene Abfragemöglichkeiten und eine Suchfunktion zur Verfügung. Zur Erweiterung der Suchmöglichkeiten wurde ein neues Modul entwickelt, das hier als „Datenwürfel“ bezeichnet wird. Die Bereitstellung von Daten aufseiten der Kohorten wird durch eine „Konnektor“-Komponente unterstützt.
Ergebnisse
Der LPC Catalogue wurde mit Daten von 22 Kohorten mit mehr als 3,8 Mio. Bioproben befüllt. Für den „Würfel“ wurden aktuell Daten von 3 Kohorten erhoben, der Ausbau läuft. Derzeit werden BBMRI-LPC-Ausschreibungen für wissenschaftliche Projekte, die die Proben und Daten der beteiligten Kohorten nutzen, durchgeführt. In deren Rahmen wurden bereits mehrere Anträge bewilligt.
Diskussion
Der LPC Catalogue unterstützt den transnationalen Zugang zu Bioproben. Ein Vergleich mit verfügbaren Lösungen zeigt die Relevanz seiner Funktionalität.
Abstract
Background
In addition to the Biobanking and BioMolecular resources Research Initiative (BBMRI), which is establishing a European research infrastructure for biobanks, a network for large European prospective cohorts (LPC) is being built to facilitate transnational research into important groups of diseases and health care. One instrument for this is the database “LPC Catalogue,” which supports access to the biomaterials of the participating cohorts.
Objectives
To present the LPC Catalogue as a relevant tool for connecting European biobanks. In addition, the LPC Catalogue has been extended to establish compatibility with existing Minimum Information About Biobank data Sharing (MIABIS) and to allow for more detailed search requests. This article describes the LPC Catalogue, its organizational and technical structure, and the aforementioned extensions.
Materials and methods
The LPC Catalogue provides a structured overview of the participating LPCs. It offers various retrieval possibilities and a search function. To support more detailed search requests, a new module has been developed, called a “data cube”. The provision of data by the cohorts is being supported by a “connector” component.
Results
The LPC Catalogue contains data on 22 cohorts and more than 3.8 million biosamples. At present, data on the biosamples of three cohorts have been acquired for the “cube,” which is continuously being expanded. In the BBMRI-LPC, tendering for scientific projects using the data and samples of the participating cohorts is currently being carried out. In this context, several proposals have already been approved.
Conclusions
The LPC Catalogue is supporting transnational access to biosamples. A comparison with existing solutions illustrates the relevance of its functionality.
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Interessenkonflikt
K.A. Kuhn, R. Bild, G. Anton, S. Schuffenhauer und H-E. Wichmann geben an, dass kein Interessenkonflikt besteht.
Dieser Beitrag beinhaltet keine Studien an Menschen oder Tieren.
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Klaus A. Kuhn und Raffael Bild haben den technischen Teil entworfen bzw. implementiert. Die inhaltlichen Teile stammen von Gabriele Anton, Simone Schuffenhauer und H-Erich Wichmann. Klaus A. Kuhn und Raffael Bild haben zu gleichen Teilen beigetragen.
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Kuhn, K.A., Bild, R., Anton, G. et al. Vernetzung von Biobanken großer europäischer Kohorten (EU-Projekt BBMRI-LPC). Bundesgesundheitsbl. 59, 385–389 (2016). https://doi.org/10.1007/s00103-015-2300-9
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DOI: https://doi.org/10.1007/s00103-015-2300-9